恩斯特·海克尔（Ernst Haeckel）于1866年开始使用扇尾亚纲这个名字，包含所有具有现存鸟类尾巴特征的鸟类，由此区分其与拥有像兽脚亚目恐龙般的长尾巴的始祖鸟。

嘉克斯·高斯特（Jacques Gauthier）后来将扇尾亚纲转为一个分支，即比始祖鸟较为接近现存鸟类的分支，如鱼鸟及黄昏鸟目。他继而定义鸟类尾巴为比股骨短的尾巴，尾综骨呈铧状及由少于6节的尾巴脊骨融合在一起，且比活动部分为短。他进一步将鸟类的冠群、鱼鸟、黄昏鸟目及神翼鸟分类到扇尾亚纲中。

新鸟亚纲（Neornithes）最初被Gadow建议用来取代扇尾亚纲。不过，高斯特却认为新鸟亚纲只是扇尾亚纲的次异名。另外，一些学者却将新鸟亚纲看为更为限制的冠群，只包括现代鸟类。高斯特则使用鸟纲（Aves）来指称现代鸟类。此外，一些研究人员使用扇尾亚纲来指代更具限制性的基于节点的演化支，以黄昏鸟和现代鸟类为定义节点。