扎纳巴扎尔龙的化石发现于蒙古的纳摩盖吐组（Nemegt Formation）。在1974年，瑞钦·巴思钵（RinchenBarsbold）认为这些化石属于伤齿龙科，相当类似蒙古蜥鸟龙（Saurornithoides mongoliensis），于是将这些化石归类于蜥鸟龙的第二个种，小蜥鸟龙（S. junior）。在2009年，马克·诺瑞尔（Mark Norell）与其同僚发现这两个种有许多差异，于是将这个种建立为新属种，扎纳巴扎尔龙（Z. junior）。属名是以藏传佛教的第一位喇嘛扎纳巴扎尔为名。扎纳巴扎尔龙是已知最大型的伤齿龙科恐龙之一，颅骨的长度为27.2厘米，只有伤齿龙的颅骨大于扎纳巴扎尔龙。