用于评价理论获得的受体–配体结合模式合理性的函数。目的在于挑选出天然状态下的复合物结构。可用于分子对接及虚拟筛选的受体–配体间结合亲和性的评价。可分为三类：基于物理的打分函数、基于知识的打分函数和基于经验的打分函数。