南京朝廷举行议论，一些大臣请求加强江北防御，因为清军似乎看起来更强大。内阁首辅马士英站在皇帝身边，大骂这群大臣，说：“你们这群东林党人，借口防守江北，实际上是在纵容叛逆左良玉进犯！如果清军到来，朝廷可以考虑谈判，但如果“左逆”到来，那么我和皇帝就会死定了！”弘光皇帝表态，支持马士英。

初十，史可法带兵到达南京城外草鞋峡，才得知黄得功队伍已经击退了左良玉。弘光皇帝发圣旨，清军开始南下，要求史可法速速回去扬州料理，不必进入南京。旋即皇帝又下诏书，史可法速奔赴泗州城驻守。史可法请求进入南京朝拜面见皇帝，讨论军机并请求南京派兵协防扬州，而皇帝拒绝见面。然后史可法登上燕子矶，面向南京拜了八次，悲痛地哭泣后离开了。

幕府军应廷吉队伍驻扎在高邮城时，接到传令：左良玉威胁南京，幕府队伍河一应军器、钱粮至南京城外浦口港。午刻又接到令箭，上面说：清军正在南下，幕府队伍驻守扬州听从调遣。晡后，又接到令箭，上面说：盱眙城紧急求援，幕府队伍可以准备前往天长城驻守。应廷吉对诸将说：这些命令显然很混乱。岂有一日三次调遣军队和粮饷？频繁的紧急情况令人惊急。扬州城必定有内部变故，南京朝廷制造了太多的干扰。应廷吉继续带队驻扎在高邮城。

史可法本人在四月十一日赶赴天长，檄调诸军援盱眙，忽然得到报告盱眙守军已经投降清朝。

而泗州城侯方岩的队伍惨败，泗州沦陷。史可法冒着风雨，踩踏泥泞，一昼夜奔赴抵达扬州，坐镇幕府指挥事务。

十四日，此时，扬州城中传言，许定国和清军已经到达扬州，意欲彻底消灭高杰家族残存军队以斩断仇怨。凌晨，高家军的邢氏带队奔向泰州，携带了大量的牲畜、舟楫。

高家军大约止有数百士兵留守扬州城内，队长为都司程秀夫。史可法传信联络幕府军各队伍。并写下血书奏疏，发往南京兵部求援。

十五日，幕府黄日芳的黄河守军，沿着大运河而下汇合应廷吉队伍。正好看到北方的艅艎挂帆在江上，蜂拥而来。询问得知，这是刘泽清率领的勤王军队。应廷吉带队驻扎在高邮湖，警戒刘泽清军阀。当日有清军使者抵达高邮城一带，招降南明军队。

十六日，幕府得到情报，南下清军更多且更密集。黄日芳发檄文，召集川籍将领胡尚友、韩尚谅，各带队扎营茱萸湾。应廷吉带领幕府军汇合，驻扎在瓦窖铺，以形成防守的犄角之势。这天，刘泽清的军队撤回淮安城。

四月十七日，清军进至距离扬州二十里处下营，次日兵临城下。史可法“檄各镇援兵，无一至者”。

十七日当天，清朝豫亲王多铎，率领大军抵达扬州城外二十里。派先锋队伍，宗室韩岱、梅勒章京伊尔德、护军统领阿济格尼堪、署护军统领杜尔德等，先抵达扬州城以北扎营，沿途在大运河收集舟船一百余。派右翼队伍，署护军统领顾纳代、伊尔都齐、费扬古、吴喇禅、梅勒章京阿哈尼堪、署梅勒章京格霸库等，先抵达扬州城以南扎营，沿途在大运河收集舟船二百余。

此时的幕府军，应廷吉队伍在扬州城外，扎营在瓦窖铺，何刚率领忠贯营抵达此地汇合。到中午，清军先锋快速突袭，攻击此地幕府军。而应廷吉、何刚队伍以火枪反击，驱逐了这批清军。随后，又有一批清军乘船攻击邵伯镇，幕府军胡尚友、韩尚谅队伍迎战，也击退了这批清军。恰逢南风大作，应廷吉、何刚船队乘风抵达邵伯湖，在卢家嘴地方驻扎。

十八日，清朝豫亲王多铎，率领大军抵达扬州城下，派兵列阵，炫耀武力，威逼迫降，发招降书。

幕府军各队伍入扬州城，严密防守。午刻，黄日芳、秦士奇队伍驻扎在邵伯镇，保护城外大运河。黄铉队伍负责转运内外粮食。孙芝秀、应廷吉带领队伍，驻扎在邵伯镇，也专门负责转运粮食。胡尚友、韩尚谅队伍负责护卫。史可法幕府为了准备扬州守卫战，先后筹集了饷银二三十万，兵器火药一二十万，诸多粮米，储存在大运河畔邵伯镇，由船队陆续补给扬州城守军。

郊外的居民害怕战乱，于是互相扶携要入城。无法入城者，则跪地长长地哭号，哀声震撼大地。史可法下令开放城门，让平民入城。且组织义勇守城，队长为戴之蕃、张有德。又组织医生救助，队长为医士陈天拔。

十九日，史可法传令，何刚、刘肇基队伍入驻扬州城内。刘肇基这天刚到，就建议若清军尚未集结，可以背城一战突击清军。但此时清军大队已经抵达城外，史可法回应：不可轻率出击，保持守军士气，坚守等待机会。 史可法传信至南京，朝廷中央军有操江军、京营，合计水陆队伍十八万士兵，都在江边观望扬州胜败。

此时，事态危险，命运飘摇。史可法，召唤史得威，二人相持哭泣。史得威表示要与史可法同生共死，但史可法却劝说：“我为明朝死去，你应该活着帮助我家人。我母亲年事已高，而我没有子女，你要为我继承家业照顾母亲。我不负明朝，你也不要负我！”

史得威回答说：“得威不敢辜负相国（史可法），但得威出生于江南的世家豪族，没本家父母的同意，且和相国并非同宗，怎敢做相国的继承人？”

当时刘肇基在旁边哭泣地说：“相国不能顾及自己的亲人，而你不听从相国的遗言，这是对相国的辜负。”史得威听此，跪拜而接受遗令。

史可法随后写下几封遗书，分别给弘光皇帝、清朝豫王多铎、太夫人、夫人、伯叔父以及兄若弟。当函封完成后，都交给了史得威，又嘱托说：“我死后，请你将我葬在太祖高皇帝附近，如果不行，那就在梅花岭。”

然后又拿起笔写下一段话：“可法受了先帝的恩德，不能报仇雪耻；受了今上皇帝的恩德，不能保护疆土；受了慈母的恩典，不能尽孝养之责。只可惜遭逢时机未到，志愿未达。用战死来报答国家，是官员职责。唯一遗憾是不能在地下与先帝相会。”这最后一封信，交给了史得威。

二十日，清军暂时驻扎在斑竹园，砍伐树木，打造云梯，等待红衣大炮。扬州城有一名勇士，名曰押住，单骑劫营偷袭清军，勇士夺得一匹马和斩获一级头颅，成功返回扬州城。史可法赏赐勇士一袭蟒纱和一百两白银，勇士为投靠明朝的夷丁。

甘肃镇李栖凤、高岐凤队伍四千人至扬州协防。幕府军的，梁以樟、应廷吉、张鑻、施凤仪和礼贤馆诸生队伍，俱入扬州城守卫。

当时有人提议放弃扬州城，转移到城外二十里远的山林扎营，而史可法下令坚守扬州城市。另有礼贤馆谋士献策，在淮安城的高堰决堤，用黄河水加淮河水一起灌入扬州府，水灌清兵。史可法以民为贵，社稷次之，伤敌少，而淮扬先为鱼鳖矣，不许。

四月十九日高杰部提督李本深率领总兵杨承祖等向清豫亲王多铎投降，广昌伯刘良佐也率部投降；二十一日总兵张天禄、张天福带领部下兵马投降，随即奉多铎之命于四月二十四日参加攻取扬州。

由于城墙高峻，清军的攻城大炮还没有运到，多铎派人招降史可法、淮扬总督卫胤文，遭到严词拒绝。

二十二日，多铎驻扎城外，传令归降清朝的曾经明朝官兵，到扬州城外，派使者对史可法说：“公忠诚闻于华夏，却没得到朝廷的信任，那么死去又有何益呢？”守军射箭驱逐使者。随后，又有数名使者招降，史可法派兵逮捕使者，投入护城河淹死。

甘肃镇总兵李栖凤和监军道高歧凤带领部下兵马四千入城，两人的意思却是劫持史可法，以扬州城投降清朝。史可法毅然说道：“此吾死所也，公等何为，如欲富贵，请各自便。”李栖凤、高歧凤见无机可乘，于四月二十二日率领所部并勾结城内四川将领胡尚友、韩尚良一道出门降清。史可法知道他们并无守城意志，反而会扰乱幕府，于是放走了。

二十三日，当时扬州城外东侧，大运河畔邵伯镇，储存有饷银二十万，兵器火药十万，诸多粮米。史可法传令，应廷吉负责管理这些粮饷，陆续转运至扬州城内，补给守军。史可法又说，自己精疲力竭，心情烦乱。应廷吉可以便宜行事。当事情完成之后，再行汇报。

二十四日，清军的红衣大炮运输队，抵达扬州城外。清军试射红衣大炮，弹丸击中扬州城官府，一颗重量十斤四两。红衣大炮射击从早晨一直到夜晚，扬州城墙损毁严重，堞堕无法修复，守军以大袋沉泥填补。有清军小队伍趁夜偷袭城墙，而幕府军击退了这些清兵。

夜间，清军用红衣大炮攻击城墙。

清军攻城不利，且每日消耗物资巨大，于是多铎举行军议，商讨是否继续围攻。而孔有德和许定国，则说：“扬州无援军，再围攻几天，就可以攻陷。”

二十五日，早晨，八旗军大队集结。黄旗总兵宗室拜尹图（拜音图）、公爵图赖。蓝旗总兵阿山、费扬古、富喇克塔、杜尔德。白旗总兵宗室韩岱，兼任兵部尚书。红旗总兵阿济格尼堪、伊尔都齐（伊勒都齐）、吴喇禅、马喇希。合计总兵十一名，包括皇室宗亲二位，兵部尚书一位。估计八旗军有数万。

扬州守军内，有幕府军四名大将，总兵刘肇基，总兵何刚。中军马应魁，标营史德威。其余普通的副将大约二十名。一名大将统辖士兵大约二三千，合计幕府士兵估计一万。再加上义勇民兵，守军估计大约二万。

豫亲王多铎传令全军出击，强攻扬州城。先以红衣大炮，集中轰击城墙西北侧，炸至崩塌，而塌陷形成缓坡。八旗军使用云梯冲锋，攀登缓坡缺口，与幕府军肉搏战斗。史可法登上城墙督战，且祭拜上天鼓舞士气，幕府军用大炮反击。八旗军死伤上千。双方火炮轰炸，崩声如雷，犹不退。城墙上下惨死无数，双方尸体堆积如山，而八旗军士兵双脚踩踏尸体继续冲锋，攻占了城墙。

扬州城陷入巷战。史可法眼见破城，持刀要自杀。参将许谨，阻止了史可法，而血溅许谨衣服。史可法没死去，便命令史得威亲自杀他，但史得威拒绝了。许谨和史得威等亲兵一起，簇拥着史可法下城，一路巷战突围到了小东门。此时副将庄子固、参将张友福、许谨，和龚士杰的二十七名骑兵，都已经身上被箭矢射中战死，

只剩下史得威随从。很快又遭遇了一批八旗兵。史可法大呼曰：“我史督师也！”

这队八旗兵很惊喜，扣押史可法到城上钟鼓楼，见豫王多铎。清军豫王多铎说：“之前多次传信请你投降，没回应。守城至今，忠义已经彰显。请先生为清朝招降收拾江南，清朝会给予先生高官厚禄。”

史可法回答：“我是大明天朝的重臣，怎能苟且偷生，得罪万世！我愿速死，去和先帝一起在地下。”多铎再三劝说，但史可法坚决求死。于是多铎说：“既然你是忠臣，就要杀你以全你的名节。”

史可法说：“城已经失守，我死无悔恨，但清军已经攻陷扬州城，请宽待民众。因守城而死者，只有我死就足够了，勿杀扬州人。”多铎没答应，只是下令斩杀史可法。而八旗军愤恨史可法的抵抗，于是肢解分裂了史可法的尸体，死无全尸。

史得威被逮捕，而他大声喊：“我乃史可法的儿子！”多铎下令由许定国关押此人。

或曰：多铎劝降他：“前以书谒请，而先生不从。今忠义既成，当畀重任，为我收拾江南。”但史可法表示：“城亡与亡，我意已决，即碎尸万段，甘之如饴，但扬城百万生灵不可杀戮！”后壮烈就义，终年45岁。

四月二十五日夜晚，扬州陷落，刘肇基战死，扬州知府任民育、何刚等壮烈牺牲。

幕府士兵义勇在大街小巷继续抵抗。清军多铎，传令屠城扬州。

当天，幕府有一些队伍撤退到邵伯镇。应廷吉则带队撤退到赤岸湖埜人湾，继续等待各队伍汇合。

二十六日，忠贯营许大成，带队撤退到邵伯湖北端的三沟闸，掘开河堤，淹没道路，阻挡清军。许大成带队坐船到东边沿海的富安场。

二十九日，扬州城彻底沦陷，前后五天巷战死者众多。还幸存的幕府队伍陆续撤到郊野，聚集在邵伯湖。清兵此时开始攻击邵伯湖。幕府军最终各自离开了。李成栋队伍驻扎在高邮城，已经归顺清朝，但没攻击幕府军，而是让幕府军各自离开。

都抚卫允文沉水自杀。忠贯营何刚、吴尔埙，投井自尽。知府任民育，在官府自杀，全家投井自尽。兵部右侍郎张伯鲸，战死。同知曲从直及其儿子，战死在东门。督修重城同知王缵爵、运使扬振兴，被杀。知县周志畏、罗伏龙，以及他们家人都被杀。两淮运使杨振熙，监饷知县吴道正，县丞王志端，训导李自明，都战死。南门施诚庵，在钞关门中箭死。礼贤馆的幕客，有十九名死于扬州。卢渭，死于钞关河。归昭，死于西门。顾起龙、龚之厚、陆晓、唐经世和另外十三人。

都督刘肇基，分守北门，先在城上发射火炮，又率亲兵四百人巷战，全军战死。副将乙邦才，自杀。副将马应魁，披白甲，书“尽忠报国”四字于背，巷战死。副将庄子固，先率七百士兵入扬州城防守，又与参将许谨一起巷战，中箭死。又有副将楼挺、江云龙、李豫、王思诚（字一诚）、参将陶国祚（字匡明）、冯国用、陈光玉、李隆、徐纯仁。游击李大忠、孙开忠。都司姚怀龙、解学曾。十三人，俱巷战死。

高家军，都司程秀夫。

扬州的士民死者众多，其中包括儒生高孝缵，在学宫遗诗后自杀；王士琇设庄烈帝位，哭泣祭拜，与弟自缢死；王缵、王绩、王续昆季三人，沉水死。武生戴之蕃、义勇张有德、医士陈天拔、画士陆榆、市民冯应昌、舟子刘某，都战死扬州。又有史可法的家人史书者，一起死去。

二十五日总进攻当天，八旗军伤亡很多，估计上千。包括有四名军官阵亡，正白旗岱纳，正黄旗祖应元，正黄旗李向舜，正黄旗金应得。

参见：扬州十日

清军占领扬州以后，多铎以不听招降为由，下令屠城。

他在“谕南京等处文武官员人等”的令旨中说：“昨大兵至维扬，城内官员军民婴城固守。予痛惜民命，不忍加兵，先将祸福谆谆晓谕，迟延数日，官员终于抗命。然后攻城屠戮，妻子为俘。是岂予之本怀，盖不得已而行之。嗣后大兵到处，官员军民抗拒不降，维扬可鉴。”

扬州居民除少数破城前逃出和个别在清军入城后隐蔽较深幸免于难者以外，几乎全部惨遭屠杀，“城中积尸如乱麻”。

明末清初史学家谈迁路过扬州时，曾经专程到梅花岭寻谒史可法衣冠冡，回首往事，不胜感慨，评价道：江都地多陵阜，故名广陵，城坚濠广，四野曼延，正利步骑，雄闻晋唐，今西门摧颓，岂史氏尚不逮李庭芝耶？

当代史学家顾诚在《南明史》中评价扬州之战说：以扬州战役而言，史可法也没有组织有效的抵抗。某些史籍说他坚守扬州达十天之久，给清军重大杀伤，也不符合事实。史可法自己在四月二十一日写的遗书中说：清军于十八日进抵城下，“至今尚未攻打，然人心已去，收拾不来”。多铎下令攻城以前，史可法即已“自觉愦愦”，把军务交幕僚处理。二十四日清军开始攻城，不到一天扬州即告失守。

随后，清军渡过长江，克京口镇江。弘光帝出奔芜湖。五月十五众大臣献南京投降清兵；五月二十二弘光帝被掳获，送往北京处死，弘光帝在位仅一年，即覆灭。南京失陷后，又有杭州的潞王朱常淓（1645年）、应天的威宗太子王之明（1645年）、抚州的益王朱慈炲（1645年）、桂林的靖江王朱亨嘉（1645年）等监国政权先后建立，不过是昙花，数天就告结束。