2003年，农业环境资源专业调入扬州大学环境科学与工程学院。

2006年，植物保护系和园艺系划出，组建扬州大学园艺与植物保护学院。

（为适应合并办学需要和学科建设要求，农学院历经多次调整，但一直沿用原名称。）

据2023年1月学院官网显示，扬州大学农学院设有4个系科，4个专业，挂靠2个研究院。

学院现有教职工164人，其中专任教师141人。在141名专任教师中，有中国工程院院士1人，澳大利亚外籍院士1人，教授57人，占40.4%；副教授39人，占27.7%；讲师45人，占31.9%。在年龄结构方面，35岁以下教师55人，占39%；36-45岁41人，占29.1%；46-55岁29人，占20.6%；55岁以上16人，占11.3%。在研究生导师队伍建设方面，现有博导44人、硕导97人。

中国工程院院士1人、澳大利亚科学院院士1人（外籍）、国家杰出青年科学基金获得者2人，入选国家“万人计划”科技创新领军人才1人、国家“百千万”人才工程3人、科技部“中青年科技创新领军人才”1人、教育部新世纪优秀人才支持计划2人、江苏省特聘教授3人、江苏省“333”高层次人才培养工程30余人次、江苏省高校“青蓝工程”20余人次，1人担任农业农村部小麦专家指导组组长，1人担任农业农村部水稻专家指导组副组长，1人担任农业农村部农作物生产全程机械化专家指导组副组长，6人享受国务院特殊津贴。

学院不断积聚优质教学资源，积极开展人才培养模式改革创新。《作物栽培学》《生物统计与试验设计》为国家一流课程、国家精品在线开放课程，《常用统计软件的应用》为省一流课程，《高级遗传学》《作物生理学》为省优秀研究生课程；农学专业核心课程教学团队获评江苏省青蓝工程优秀教学团队，教师多人次获省微课教学比赛一等奖、中国作物学会十大教学能手等教学比赛奖项，4项教学成果获得省教学成果奖一等奖、二等奖以及省研究生教育培养模式改革成果二等奖。

学院通过实施四年一贯导师制，对学生专业学习、科技创新、实习实践、职业发展等提供全程化个性化指导；通过组织学生早进团队、早进项目、早进实验室，在教师指导下系统培养创新思维和科研能力；依托学院的大田种植综合训练计划和在校内外的30多个实践教学基地，为广大学生圆青春创业梦想导航助力。近年来，学生团队多次获得“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛特等奖、“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛金奖、“互联网+”中国国际大学生创新创业大赛金奖等国省级双创竞赛大奖。

学院现设有作物学博士后流动站、作物学一级学科博（硕）士点，作物栽培学与耕作学、作物遗传育种、农产品质量安全与环境、区域农业发展等4个二级学科博（硕）士点和生态学二级学科硕士点，以及农业硕士专业学位点（含农业与种业、农业管理2个培养领域）。作物学一级学科为江苏省优势学科，作物栽培学与耕作学为国家重点学科。

平台建设稳步发展。2014年，江苏省作物遗传生理国家重点实验室培育点通过中期考核评估，并获新一轮培育建设，2018年通过考核验收，获优秀等次；2016年，植物功能基因组学教育部重点实验室通过教育部新一轮评估；2018年，江苏省粮食作物现代产业技术协同创新中心由培育转为正式立项建设；2018年，江苏省作物基因组学和分子育种重点实验室获批立项建设；2020年，江苏省优质粳稻产业工程研究中心获批立项建设；2022年，农业农村部盐碱土改良与利用（滨海盐碱地）重点实验室”成功入选农业农村部学科群重点实验室。此外，新增全国粮食安全宣传教育基地、江苏扬州国家科技特派员创业培训基地、农业部长江中下游地区作物栽培科学观测实验站各1个。

学院承担各类各级科研项目358项，其中国家级项目119项，在研项目总经费1.64亿元，年人均科研经费45万元。

近5年，教师主编，采编出版教材、学术专著36篇；发表SCI论文数达594篇，其中一区，二区论文380篇，高影响因子论文（IF＞5）195篇。申请发明专利126项，授权发明专利53项，育成新品种22个，获国家版权局计算机软件著作权99项。共获得部省级以上科学技术奖36项，其中以第一完成单位获国家自然科学奖二等奖1项，以第一、第二完成单位获国家科技进步奖二等奖2项。

扬州大学农学院重视与国内外相关机构的合作与交流，与中国科学院、中国农科院等科研单位有着密切的科研合作关系，并与美国、日本、澳大利亚、德国、荷兰、香港等国家或地区建立了良好的合作关系。

学院注重发挥人才科技优势，打造高端智库，为地方农业产业发展提供决策建议。学院教师撰写提交的多份建议报告，得到了国务院、国家发展改革委、科技部、农业农村部和江苏省委省政府领导的肯定性批示；负责编制《江苏省高标准农田建设规划》《精准扶贫村稻田综合种养发展规划》等农业发展规划30多项，其中4项由省政府颁布实施。