魏源反对脱离实际的“心性迂谈”和“玄虚之理”，提倡“亲历诸身”和“验诸实事”，认为人的知识是通过学习与行动取得的，即使有聪明的天资，如果没有后天的努力，也不能获得智慧。后天人为的努力，完全可以改变天资的自然差别。他说：“技可进乎道，艺可通乎神；中人可易为上智，凡夫亦可祁天永年；造化自我立焉。”魏源完全反对“生而知之”的先验论。又强调直接经验的重要性，他认为，现代人的经验比之古代人的经验重要，“身教”也比“言教”重要。他把人的认识比喻成“水”，把客观事物比喻成“盂”，认为“水”须随“盂”的方圆而方圆，人的认识也必须随“古今”、“南北”的不同，而“设身处地”去加以考察，才能使认识符合“古今”、“南北”的不同情况。他反对凭空虚构理论，认为：坐在屋里谈的空道理，拿出去实际检验，“其效者十不三四”。在认识的问题上，他认为：“独得之见”不如“众议参同”，“合四十九人之智，智于尧、禹。”人们的认识必须相互补充，相互切磋，相互综合。以上是魏源在《默觚》一书中反映出的一种朴素的唯物主义认识论思想。《默觚》还具有朴素的辩证法思想，如他说：“一生变，变生化，化生无穷。”、“气化无一息不变者也。”突出地讲到事物矛盾的普遍性和变易进化的观点，他说：“天下物无独必有对”，“有对之中必一主一辅”。还表露出一些“相反相成”，“物极必反”的思想，魏源认为：矛盾的相克和互相转化，必引起事物的运动、变化和发展；三代以上，天皆不同今日之天，地皆不同今日之地，人皆不同今日之人，物皆不同今日之物。这是他主张改革的主要理论依据。在主观和客观的关系上，他强调主观必须符合客观，指出：做事是否恰当，要靠思想是否正确；但“善言心者，必有验于事”，即思想的正确与否，必须受所做的事的检验；他把这两者的关系，生动地比喻成秤与物的关系，指出“无星之秤不可以称物，故轻重生权衡，非权衡生轻重。”在讲到“法”与“人”的关系时，他说：“法必本于人”，即客观的法则要靠人去运用，但“善言人者，必有资于法”，即人也必须遵照客观的法则，而不能任意造作。魏源在《皇朝经世文编》一书中反映出的反对主观主义，提倡尊重客观实际的思想，为十九世纪下半期的学术界开创了一种新风气。魏源晚年与龚自珍一样，接受了佛教的影响，他认同“虚空”的力量，“虚空之力，能持天载地”，“愈虚则力愈大”。认为“心”如果“无可欲则自虚，无可恃则自虚，虚则自灵矣”，“诚能心不受垢如目之不受尘者，于道几矣。”认为人之心即天地之心，包容和支配宇宙万物，万物皆备于我。因此在认识上“彻悟心源，万物备我，则为大知大觉”。