中华人民共和国成立后，报国寺划归粮食部和商业部使用，之后也曾归属粮食部管理。

1969年，北京金属熔炼厂在报国寺内建厂，寺内庙宇等建筑一度成为该厂的生产车间、仓库等。

1982年，报国寺交付给中华人民共和国商业部、中国商报社和中国商业出版社等单位使用。后投资维修报国寺。

1989年，报国寺修复工程开始。

1997年，报国寺修复工程完毕，后辟为“报国寺文化市场”。同年6月，报国寺向社会开放。

1990年，北京市人民政府出资修复报国寺。

1997年，报国寺辟为报国寺收藏市场。

2015年，报国寺收藏市场启动升级改造。

2020年，报国寺收藏市场关闭，恢复为文物保护单位，并对外开放。

2022年4月，报国寺大雄宝殿进行保护性修缮。

报国寺坐北朝南，现存中、西两路建筑群，中路四进院落、西路六进院落，单体建筑总计34栋，总建筑面积约3000平方米。

顾亭林祠坐北朝南，位于寺院西侧，五进院落，院落东南隅设砖门楼，门上石匾刻有篆书“顾先生祠”。

顾炎武（1613年7月15日—1682年2月15日），字宁人，江苏昆山人，因故居旁有亭林湖，被尊称为亭林先生。明末清初杰出的思想家、经学家、史地学家和音韵学家，与黄宗羲、王夫之并称为明末清初“三大儒”。清顺治和康熙年间，顾炎武曾多次寓居报国寺内。

明成化二年（1466年），明宪宗遵母后之命于报国寺原基址上敕建新庙。据《北京文史资料精选·宣武卷》载：“现在庙内尚有成化二年碑。从碑文来看，寺院的兴建，是明宪宗为其母祝禧而建。有碑文：‘今即宣武门外撤旧建佛寺而新之。发内库之金以市材鸠工；不数月而告成焉……乃原圣母之志，名曰大慈仁寺，广渡僧众，俾居其中，祝禧迎贶……’但这仅仅是建寺的表面理由，而其真正的建寺原因，是为周太后的弟弟周吉祥而建。”寺庙建成后，孝肃周太后的弟弟周吉祥在此出家，明宪宗就把这位舅舅任命为方丈。

1997年，报国寺举办第一届全国钱币博览会。

2015年9月22日，报国寺举办由中国收藏家协会全国纸制品收藏联盟、中国商业联合会收藏业委员会主办的“中国首届彩票精品展示交流会”。

2021年8月25日至9月25日，报国寺举办由北京市文化和旅游局主办的“大北京、新场景、微旅行——只为找到你2021北京微旅行线路征集活动”。

2022年4月23日至29日，报国寺举办“初心如磐——韩珍明百份入党志愿书收藏展”。

报国寺曾作为北京城较大的庙市和花市，对研究清康熙年间的文俗文化有重要意义。

1984年5月24日，报国寺及顾亭林祠被北京市人民政府公布为北京市第三批市级文物保护单位。

2006年5月25日，报国寺被中华人民共和国国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。

报国寺位于北京市西城区报国寺前街1号。

北京市内乘坐5、6、19、38、40、50、57、76、78、109、133、381、676路公交车，在广安门内站下车前往。

北京市西城区人民政府距离报国寺约3.4千米，驾车约14分钟。