拉孔帕尼亚大教堂建于1605年，印加帝国遭受军事入侵并被征服后，其精神领域也被控制，当地人的宗教信仰被摧毁了，他们被迫改信基督教。基督教会的男修道士接替了印第安的传教活动，在传教士中有方济各会，多明我会或是奥古斯第会的传教士。他们早期修建的那些教学是很简单的建筑，所以规模盛大的弥撒是在室外进行的，然而，到了16世纪50年代，当地的印第安劳工，在修道士的指导下，修造了大教堂。