1974年9月1日，成立拉萨海关；

1984年6月9日，拉萨海关升格为厅局级机构；

2018年4月20日，根据《深化党和国家机构改革方案》统一安排部署，将原西藏出入境检验检疫局管理职责和队伍划入拉萨海关。

拉萨海关现有内设部门16个，分别是：办公室（党委办公室）、法规处、综合业务一处、综合业务二处、卫生检疫处、动植物和食品检验检疫处、口岸监管处、企业管理和稽查处、财务处、科技处、督察内审处、人事教育处（党委组织部）、机关党委（思想政治工作办公室、党委宣传部）、监察室（党委纪检组）、离退休干部办公室、缉私局；

隶属单位10个，分别是：拉萨贡嘎机场海关、八廓海关、聂拉木海关、吉隆海关、普兰海关、亚东海关、日喀则海关、狮泉河海关、林芝海关、拉萨海关风险防控分局。

事业单位4个，分别是：拉萨海关后勤管理中心、拉萨海关技术中心、西藏国际旅行卫生保健中心（拉萨海关口岸门诊部）、中国电子口岸数据中心拉萨分中心。

拉萨海关关长、党委书记：王宏翰

男，汉族，1977年8月生，大学，中共党员

拉萨海关政治部主任、党委委员、一级巡视员：赵秋霞

女，汉族，1965年9月生，大学，中共党员。

拉萨海关副关长、党委委员：索朗罗布

男，藏族，1965年10月生，大学，中共党员。

拉萨海关党委委员、纪检组组长：姬璞

女，蒙古族，1977年4月生，大学，中共党员。

拉萨海关副关长、党委委员：吴刚

男，汉族，1973年4月生，大学，中共党员。

拉萨海关一级巡视员：侯长立。

（参考资料）

聂拉木海关

聂拉木海关成立于1962年，为正处级单位，位于西藏日喀则地区聂拉木县樟木镇樟木口岸，平均海拔2400米（中尼友谊桥海拔1700米）。负责樟木口岸（一类陆路通商口岸）的海关业务；有缉私分局，负责日喀则地区的所有打击走私工作。

日喀则海关

日喀则海关成立于1974年，为正处级单位，位于距拉萨277公里的西藏第二大城市日喀则市，平均海4000米。负责日喀则市除聂拉木县、吉隆县以外的海关业务，边境线长约1186公里，辖区内有国家二类口岸日屋口岸以及2006年恢复开关的亚东乃堆拉山口和仁青岗边贸市场。

狮泉河海关

狮泉河海关成立于1962年，为正处级单位，位于西藏阿里地区狮泉河镇，负责西藏阿里地区海关业务，距拉萨市约1500公里，海拔4300米，是全国整体海拔最高的海关。有缉私分局，负责阿里地区的所有打击走私工作。

吉隆海关

吉隆海关成立于1962年，为正处级单位，位于日喀则市吉隆县吉隆镇，负责吉隆口岸及吉隆县的海关业务。

原普兰出入境检验检疫局

原普兰出入境检验检疫局成立于1999年，为正处级单位，位于阿里地区普兰县，海拔3900米，距拉萨1300余公里。负责普兰口岸的检验检疫业务。受普兰口岸气候和交通条件限制，原普兰出入境检验检疫局每年5月至10月派人进驻开展工作。

普兰口岸为国家一类口岸，位于阿里南部、喜马拉雅山南麓中国、印度、尼泊尔三国交界的峡谷地带，属高原亚寒带干旱气候，年均温3℃。

驻机场办事处

驻机场办事处成立于2000年，为正处级单位，位于山南市空港新区甲竹林镇，负责拉萨贡嘎国际机场的海关业务。

亚东办事处

西藏出入境检验检疫局成立于2011年，为正处级单位，位于亚东县，负责亚东口岸的检验检疫业务，海拔2850米，监管现场乃堆拉山口海拔为4730米，为全系统固定履职的最高点。

亚东办事处所在亚东县是中印贸易的传统通道，中印两国间最大的陆路通商口岸，呈南北走向，北高南低，海拔在2700米—4500米。边境线长290公里（中印150公里、中不140公里），对外通道45处，亚东县距离日喀则市309公里，距离西藏自治区首府拉萨500公里。县城驻地下司马镇距边境一线乃堆拉山口37.5公里。受气候和交通条件限制，亚东办事处每年5月至10月进驻开展工作。

驻林芝办事处

原西藏出入境检验检疫局驻林芝办事处成立于2014年，为正处级单位，位于林芝市，负责林芝市的检验检疫工作。主要是对林芝出口的松茸等林下产品进行检验监管。

林芝办事处所在林芝市距拉萨市400余公里，平均海拔3100米，地处西藏东南部，雅鲁藏布江中下游，属高原温带湿润半湿润季风气候，林下资源十分丰富，与缅甸接壤，边境线长1006.5公里。

驻成都办事处

原西藏出入境检验检疫局驻成都办事成立于1999年，为正处级单位。负责进出藏干部职工中转联络、常住内地退休干部的管理与联络等工作。