然而这些摩里斯科人并不认为是可以被完全同化，尽管在人种上与他们的基督徒邻居没有什么不同，但是他们继续保持与穆斯林相似的生活方式。基督徒们怀疑摩里斯科人同阿尔及利亚人和土耳其人勾结发动“圣战”，威胁西班牙。摩里斯科人受到各种歧视。但是他们得到了西班牙境外穆斯林的支持，他们得到教令（fatwās），允许他们秘密保持伊斯兰信仰（taqīyah）。

1566年，腓力二世签署法令禁止格林纳达的摩里斯科人使用他们的语言、服饰和习俗。格林纳达的摩里斯科人于1569年爆发起义，两年后他们被整体驱离格林纳达，散居西班牙北部地区。1609年9月22日的一份皇家法令直接驱逐了摩里斯科人。在之后约5年的时间里，约有30万摩里斯科人被转移至今阿尔及利亚、突尼斯和摩洛哥，然而他们在当地依然属于异类。虽然经过了数代的同化，但是他们身上的一些西班牙特点依然保持到今天。