地方行政机构方面，则由过去的州、郡、县三级制改为州、县二级制，废郡。

简化了地方行政组织，这不仅节省了国家开支，还提高了行政效率，有利于中央集权的统治。

元丰三年（1080）九月，宋神宗针对宋初以来官制的弊病，专门成立一个改革官制的机构——评定官制所，具体实施改革官制的计划。从元丰三年一直持续到五年（1082）完成这一改革任务。

制定寄禄格，改正官名，以原来的散官开府仪同三司，代替原来的中书令、侍中、同平章事，用以确定官僚俸禄及升降品阶的标准，成为新寄禄官阶，原来的寄禄官全部成为宽以官符其实、主管本部门的职事官；改革铨叙制度，规定凡除授职事官，皆按寄禄官品位高低为标准；仿制《唐六典》所载官制，颁布三省、枢密、六曹官僚等制度，按照新制度任命三省长官，事无大小，并由中书取旨，门下审核，尚书执行。