在《万万没想到之大皇帝》中，主线中的每一场攻城战役只可派出10名武将，在攻城行经途中每一场战斗需要从这10名武将中跳出5名进行战斗。一旦战役打响，讨伐过程中的武将若发生阵亡将不可复活，因此在出征前就要考虑好武将的兵种和技能的搭配。在游戏前期尽量将所有武将都派遣上阵，而在中后期，则要对武将的作用进行划分，进攻、防守和辅助三种类型的武将缺一不可。

《万万没想到之大皇帝》充满副本特色的攻城战系统是游戏的核心玩法之一，从行军起点到最后的守关大将，将随机选择行军路线进行战斗，而每一步行军将遇到全然不同的剧情。在手操胜券之时，不妨随遇而安一路过关斩将，为部下获取更多的经验值；在势均力敌时，则要考虑是否使用指南针，保存实力直捣黄龙！