效应器官是外来化合物作用于机体，产生在动物实验或临床上所观察的毒性效应的器官。某些外来化合物的靶器官就是效能器官；某些外来化合物对靶器官的毒作用是通过某种病理生理机制由其他的器官（效能器官）表现出来。如马钱子碱作用于中枢神经，而在横纹肌出现痉挛，因此马钱子碱的靶器官是中枢神经系统，效能器官是横纹肌。