2012年8月14日，教育部科技司印发《关于组织申报2012年度“教育部-中国移动科研基金”项目的通知》，基金项目按照教育部部级项目管理，资助强度每项不超过200万元，资助期不超过3年，资助经费在项目执行期内按年度拨付。

2015年8月24日，教育部科学技术司印发《教育部-中国移动科研基金项目管理办法（暂行）》，为进一步加强“教育部-中国移动科研基金项目”的规范管理，保证项目的顺利实施和经费的合理使用。