敦煌研究院是国家设立的负责世界文化遗产敦煌莫高窟、全国重点文物保护单位安西榆林窟和敦煌西千佛洞保护、管理和研究的综合性专门机构。办院方针为“保护、研究、弘扬”。其前身是1944年成立的国立敦煌艺术研究所，1950年改名为敦煌文物研究所，常书鸿、段文杰先后任所长；1984年，扩建为敦煌研究院。常书鸿任名誉院长，段文杰任院长。现任领导班子成员为：院长樊锦诗，党委书记、副院长纪新民、副院长刘会林，党委副书记李金寿，副院长王旭东。敦煌研究院设有院党委、院务委员会、院学术委员会。院属二级单位有党委办公室、院长办公室、人事处、兰州分院、外事处、计划财务处、总务处、科研处、保护研究所、美术研究所、考古研究所、文献研究所、民族宗教文化研究所、敦煌石窟文物保护研究陈列中心、数字中心、信息资料中心、《敦煌研究》编辑部、接待部、保卫处。研究院还设有下属企业：敦煌研究院文物保护技术服务中心。受国家文物局委托管理古代壁画保护国家文物局重点科研基地。建院60多年来，始终遵循“保护、研究、弘扬”的工作方针，经过几代人的艰辛工作、无私奉献，今天的敦煌研究院已发展成为国内外具有一定规模和影响的遗址博物馆、敦煌学研究基地、壁画保护科研基地。