敦煌石窟密洞中，所藏遗书以佛教典籍最多，还有天文、历法、历史、地理、方志、图经、医书、民俗、名籍、帐册、诗文、辞曲、方言、游记、杂写、习书，成为多种物质文明和精神文明的重要依据和补充参证，其主要部分又是传统文献中不可得见的资料，价值尤为珍贵。所以被视为中国文化史上的四次大发现之一。敦煌遗书以汉文最多，又有吐蕃文、回鹘文、西夏文。蒙古文、粟特文、突厥文、于阗文、梵文、吐火罗文、希伯来文等多种古代民族文字，成为研究这些古代民族语言文字和民族历史、宗教、文化的珍贵资料。它又具有民族学价值和国际意义。敦煌遗书以卷轴装为主，又有梵箧装、经折装、蝴蝶装、册子装和单页等多种形式，还有一些拓本、印刷本和刺绣本，在书籍发展史及书籍装帧史、印刷史上都是难得的实物资料。 尚有更多材料，犹如明珠还埋于砂砾之中，有待识者发现和考证。

十九世纪末，道士王圆箓到莫高窟。此时莫高窟十分荒凉，崖间上的通道多数已经毁于战火，一些洞口已经崩塌，底层的洞窟已为黄沙掩盖，这里只有一些粗通汉语的藏传佛教宁玛派喇嘛居住。王道士在莫高窟定居后，香火渐盛，他把信徒们施舍的钱财节省下来，开始按照自己对道教的理解来重修和改造莫高窟。他所做的第一步工作就是清除底层洞窟中的积沙。

光绪二十六年（1900年）5月26日，王道士所雇的人在清除第16窟甬道的积沙时，偶然发现了藏经洞。但敦煌当地的富绅无人认识洞内这批古物的价值，腐败的清政府也未能对其进行应有的保护，致使藏经洞中的大批敦煌遗书和文物先后被外国“探险队”捆载而去，分散于世界各地，劫余部分被清政府运至北京入藏京师图书馆。莫高窟的壁画和塑像也遭到劫夺与破坏。1914年至1915年，俄国奥登堡率考察队到敦煌和莫高窟，不仅收集到大批敦煌写本，还掠走了第263窟的多块壁画。

1921年，在苏俄国内战争中失败的数百名白匪军逃窜到莫高窟，他们在壁画上任意涂抹、刻画，并在洞窟内烧炕做饭，致使大批壁画被火燎烟熏。

1924年，美国华尔纳曾到莫高窟盗剥了大面积的壁画，并掠走彩塑。

敦煌遗书和文物的散失对中国文化造成了难以估量的损失，但客观上却推动了东西方学者从不同角度对它们进行整理和研究，并在二十世纪三十年代形成了一门新的学科——敦煌学，敦煌学的兴起引起了学术界对敦煌莫高窟的重视。

自20世纪三四十年代起，中国的历史学、考古学和美术工作者到敦煌进行考察的人逐渐增多。经过他们的研究和宣传，敦煌莫高窟在文化界的知名度逐渐提高。

1944年，敦煌艺术研究所成立，担负起了保护洞窟临摹、研究敦煌壁画的职责；1951年，敦煌艺术研究所更名为敦煌文物研究所；1984年8月，在敦煌文物研究所的基础上，扩大规模建立了敦煌研究院；1986年12月，敦煌被国家列为历史文化名城；1987年8月，敦煌县改为县级市，1988年2月，敦煌莫高窟被联合国教科文组织列入“世界文化遗产名录”。

第一个来敦煌窃取藏经洞文物的是英国人斯坦因。斯坦因原为匈牙利人，1862年生于布达佩斯的一个犹太人家里，后加入英国籍。作为一名考古学家，斯坦因曾先后四次来我国西北考察。第二次中亚考察时，斯坦因来到甘肃河西，以不正当手段非法从王道士手中骗取大量敦煌藏经洞文物，成为劫掠敦煌文物的始作俑者。

早在1879年，匈牙利地质学家拉乔斯·洛克齐(LajosLoczy)参加塞琴尼伯爵探险队到过敦煌。1902年，在德国汉堡举行的国际东方学会议上，洛克齐报告了敦煌莫高窟保存的精美壁画和雕塑。斯坦因也正是从他的朋友洛克齐那里听到了莫高窟的情况，这就更进一步刺激了斯坦因到敦煌考察的欲望，所以，在1904年，他在向英国政府提交的第二次中亚探险计划书中，就将考察的地区扩大到甘肃敦煌。1906年4月，斯坦因踏上征途，开始第二次中亚探险。1907年2月，斯坦因从楼兰遗址出发，沿罗布泊南的丝路古道，经过阳关，3月12日早晨，斯坦因一行到达敦煌。此前，斯坦因在喀什聘请了一个中国师爷—蒋孝琬，作为他的翻译和助手。斯坦因初到敦煌时，并不知道莫高窟发现藏经洞的事，原准备在敦煌稍事停留，考察莫高窟，补充一些粮食和饮水后，前往罗布泊进行考古发掘。但不几天就从一位定居敦煌的乌鲁木齐商人那里听到莫高窟发现藏经洞的情况，斯坦因当即改变注意，动身前往莫高窟。

3月16日，斯坦因来到莫高窟，这时候，王道士已在藏经洞门上装上门锁，并亲自掌管着门锁的钥匙。斯坦因到来时，碰巧王道士外出化缘未归，但他仍从一个小和尚手里看到一卷精美的写本，这使斯坦因欣喜若狂。他决心留在敦煌，等待王道士的归来。这期间，斯坦因返回敦煌县城，雇了一批工人，考察并发掘了敦煌西北的长城烽燧遗址，获得大量汉代简牍。

5月21日，斯坦因返回莫高窟，此时，王道士也已化缘归来。由于前几天莫高窟正在举行庙会，往来香客很多，为防止好奇的善男信女可能进入藏经洞，王道士用砖块代替木门，堵住了藏经洞的入口，这使斯坦因非常失望。于是，斯坦因说他是来莫高窟拍摄壁画照片的，只字不提藏经洞之事，而是通过蒋师爷和王道士进行了初次接触。蒋师爷向王道士表示斯坦因愿意提供一笔捐款帮助他修理洞窟，希望能看到一些写卷，王表示同意，但当蒋师爷表示斯坦因实际上想购买一些写卷时，王道士立刻警惕起来。一方面藩台衙门有封存藏经洞的禁令，另一方面王道士也怕这样做会被别人发现，对他本人和他所做的“功德”不利，因此，王道士拒绝了斯坦因的要求。接着，他提出请王道士领他参观洞窟内正在进行的修建工程，王欣然同意。在参观过程中，斯坦因虽然对王道士的新塑像极为鄙夷，但他却从中发现了王道士对宗教的虔诚，因而借机表示对王道士的敬佩，王道士对斯坦因渐渐有了好感。接着，斯坦因又向王道士吹嘘说，他是玄奘的忠实信徒，又娓娓动听地向王道士述说自己是如何追寻着玄奘的足迹，从印度横越峻岭荒漠，历经千难万险而来到敦煌的。这番话果然打动了王道士的心。当夜，王道士悄悄地将一捆经卷交给蒋师爷拿给斯坦因进行研究。说来也巧，这些经卷的题记表明，佛经是玄奘从印度带回并从梵文译为汉文的。这个偶然的巧合，给斯坦因带来新的希望。第二天，斯坦因对王道士说他之所以能在这一天看到由玄奘带回并翻译的佛经，完全是圣人玄奘在冥冥间作的安排，目的是让他把这些来自遥远的印度的佛经送回原来的地方。王道士是一个十分迷信的人，斯坦因这番话使他感到这一巧合的确是神的召示。入夜，王道士拆除了封堵藏经洞的砖墙，向斯坦因打开了藏经洞之门。

进洞之后，在昏暗的油灯下，斯坦因看到“经卷一层一层地堆在那里，密密麻麻，散乱无章。经卷堆积的高度约有10英尺，后来测算的结果，总计约近500立方英尺。藏经洞的面积大约有9平方英尺，剩下的空间仅能勉强容得下两个人。”由于洞窟太小，光线又暗，不便阅读，王道士就允许斯坦因把几捆卷子移到洞窟前室的一间小屋。为了防止被别人发现，又将窗户用纸糊上。之后，每天夜里，由王道士入洞，取出一捆捆写本，拿到小屋里让斯坦因研究。由于写卷越来越多，斯坦因放弃了原来准备叫蒋孝琬给每个写本都编出目录的打算，只是从他的考古学标准出发，尽可能多、尽可能好地选择写本和绢、纸绘画。最后斯坦因捐出一笔钱作为酬劳，送给王道士，并约定在离开中国之前，除他们三人外，不向任何人透露这些写本、绘画的来源。对这笔交易，1921年，斯坦因在其出版的考古报告里写道：“当我今天回过头来检视我用4锭马蹄银换来的无价之宝时，这笔交易简直有点不可思议。”6月中旬，斯坦因带着从王道士手中获得的藏经洞文物，前往安西“探险”。四个月后，斯坦因在返回敦煌附近时，给王道士写了一张字条，蒋孝琬拿着字条又秘密去了一次莫高窟，从王道士手中得到了230捆文书。16个月后，装满24箱经卷和5箱经过仔细包扎好的绢画、刺绣等艺术品，便平安地存在伦敦的英国博物馆里了。

第二次中亚探险结束后，斯坦因于1911年写出了此次考察的个人笔记—《沙埋契丹废墟记》（两卷本），1912年在伦敦出版。1921年，斯坦因的正式考古报告《西域考古图记》（Serindia，又译塞林提亚）由英国牛津大学出版社出版。中译本《西域考古图记》由中国社会科学院考古研究所主持翻译，广西师范大学出版社2000年出版发行。

1914年，斯坦因第三次来中国进行考古“探险”时，再次来到敦煌，又通过王道士等获得了5大箱写本文书。虽然，大部分文献已被伯希和探险队、大谷探险队及北京政府运走，但斯坦因此次所得，大部分是王道士早已取出并转移到安全地点秘藏起来的，少部分则是当地官僚所有和散佚在民间的。由此，斯坦因成为获得藏经洞文献最多的人。