异世界数码世界，如今这个世界正陷入巨大战争漩涡中。原因便是保证数码世界秩序的主计算机“世界树”突然消失了踪影。

因为支配者的消失，在数码世界各地有实力的数码兽为了成为“下一任世界的支配者”而展开了纷争，秩序正在从数码世界上消失，混沌席卷成旋涡的战乱包围世间。

看到事态严重性的天女兽为了将战乱的世界引导向正确的方向，决定从人类世界召唤可以使用卡片驱使数码兽的驯兽师来到数码世界。

接着，驯兽师们被召唤来，战争转移到崭新的局面后经过了一段时间。在与这个战乱之世隔绝一般的和平森林，住着心地善良的埃癸奥兽，他在森林中与独角马兽群一同过着恬静的生活。