上次黑客驯兽师黑骑士及其数码兽啄木鸟兽的乱入使得阿剑的对手发生了改变。在对决中阿剑发现啄木鸟兽身上也有和暴龙兽和比兹兽相同的象征“变异种”的印记，开始双方平分秋色而且暴龙兽略胜一筹，后来黑骑士让啄木鸟兽使用先前对付斋藤的师父近藤的烂泥兽让其数据慢慢分解的必杀技“苦无之羽”。在千钧一发之际，幸好黑斗篷及时出现把阿剑和暴龙兽转移到了安全的地方。在现实的数码兽对战终端上，亚美醒来了，然而她和阿透却不见阿剑的人影……此时暴龙兽退化成为亚古兽，阿剑本以为救自己和暴龙兽的黑斗篷是阿翔，没想到却是妖精兽！不管怎么说，总算是得救了。黑骑士在自己的总部发誓下次一定要打倒阿剑，当他摘下面具时……其真面目竟然是华原翔！

【第04话 恐怖的数码兽消除部队】

■2006年03月20日 月刊V-jump杂志 2006年5月号 刊载

被妖精兽解救的阿剑和亚古兽坐上了机车兽C89号逃离了，事后阿剑得知自己已经从现实世界真正进入到了数码世界。随后他们来到巴达兽的村子·隐藏之谷，醒过来的亚古兽因为阿剑作为驯兽师的不称职而让自己输给了啄木鸟兽大为恼火，于是痛扁了阿剑一顿。正在两人争执的时候，小妖精兽阻止了他们，并说出了事态的严重：邪恶的大魔王巴鲁巴兽出现了，它利用翔来收集数码记忆体（DigiMemory），如果让巴鲁巴兽收集到数码的世界的8个数码记忆体(加速器的DNA Data的通称)的话，它便能拥有控制世界的力量了。这8个数码记忆体分别是妖精兽拥有的“神圣”、巴鲁巴兽拥有的“黑暗”、“龙族”、啄木鸟兽的“鸟型”、“水栖”、“兽型”、“昆虫·植物”以及“机械·突然变异”。

封龙兽率领兵龙兽军团来袭，妖精兽奋起反抗，但封龙兽把迪哥兽和巴达兽们关起来当作人质，它不敢轻举妄动。最后被封龙兽打成重伤玩弄其手掌之间，而且它的神圣数码记忆体也被抢走。闻讯赶来的阿剑和亚古兽愤怒到极点，此时阿剑的数码之魂燃起，借助这股力量亚古兽使出了小型燃烧弹一招终于打倒了封龙兽，兵龙兽们失去首领士气乱散最终落荒而逃。

阿剑由此答应了妖精兽担当拯救数码世界和打倒大魔头巴鲁巴兽的重任。妖精兽用自己的力量使数码兽迷你机变化成了Digivice。随后阿剑和亚古兽坐上机车兽前往了光之城。

【第05话 阿勇和加奥兽】

■2006年04月21日 月刊V-jump杂志 2006年6月号 刊载

【第06话 i-LAND】

■2006年05月21日 月刊V-jump杂志 2006年7月号 刊载

阿剑和勇，以及加奥兽、大地暴龙兽在搭乘机车兽的途中，因为大地暴龙兽要上厕所，所以在一座岛上停了下来。那座岛被称作i-LAND，外表很像游乐园。在那里像蜂巢一样东西里残留着蛋。勇去取结果警报响起胡蜂兽出现。它一直在这里守护着，保护了坦克龙兽后，把阿剑和勇关到了城中。随后，亚美也被抓住了。然后亚古兽和加奥兽与胡蜂兽以及进化后的炮蜂兽展开了战斗。

【第07话 VS炮蜂兽】

■2006年06月21日 月刊V-jump杂志 2006年8月号 刊载

胡蜂兽进化成了完全体的炮蜂兽。面对完全体那压倒性的力量成长期的亚古兽和加奥兽败下阵来。 就在这千钧一发的时刻，加奥兽冲出一人引开了敌人。亚古兽提出了寻找被囚禁的阿剑等人的作战计划。

虽然知道已经没有希望，但是加奥兽一个人想要为大家争取时间。 加奥兽最后问巴鲁巴兽为何杀戮数码兽的理由。

巴鲁巴兽杀戮数码兽的理由就是把世界上以前的数码兽全部扫光， 制造一个仅仅让“数码突击队”存在的理想乡。

加奥兽用坦克龙兽的数码蛋作为人质。炮蜂兽无情地展开了攻击， 腿部受伤的加奥兽动弹不得受到炮蜂兽必杀技的直接攻击。

当亚古兽救出阿剑回来的时候，加奥兽已经奄奄一息了。 最后用阿剑的数码之魂亚古兽进化成为大地暴龙兽， 在炮蜂兽放出必杀技“Nitro Stinger硝酸刺激”的一瞬间。大地暴龙兽用数码终端器中安装的新技能“Mega Burst 超级爆裂”应战。 和完全体最强技能互相碰撞，DP(Digimon Power)较差的超级爆裂处于下风。 然而由于阿剑的心里强烈的意志，最后漂亮地击粉碎了炮蜂兽。

加奥兽用数码终端器的药治疗后，加入去i-Land的一行人。

这个时候，天界的巴鲁巴兽之城，数码突击队准备开始新的行动了……

【第08话 太阳沙漠】

■2006年07月21日 月刊V-jump杂志 2006年9月号 刊载

巴鲁巴兽率领的数码突击队发起了进攻。它企图断绝人类和数码兽的纽带，再构造一个数码世界……巴鲁巴兽向黑骑士下令收集8个数码记忆体，于是黑骑士让啄木鸟兽飞起。

另一方面，阿剑他们乘夜来到了沙漠。亚美无法相信这是数码世界。讨厌争吵的阿勇，想的不是打倒巴鲁巴兽，想的只有享受着数码世界。那夜，按照已经伤愈完好的加奥兽的意思，阿勇瞒着阿剑和加奥兽两人在沙漠正中途下了车。第二天，阿剑和亚美发现阿勇和加奥兽消失了，于是两人返回到了阿勇下车的地方。

这时，阿勇因为冒着酷暑步行体力透支。加奥兽在附近发现了绿洲，它带着阿勇前行。在绿洲中消除疲劳后的2人在那里发现了大群植物型数码兽，它们的主人是沙漠领主向日葵兽。向日葵兽说，以前那个沙漠被称作“绿色大地”，但是由于乘机夺取天界的巴鲁巴兽而发生了气候的异常。向日葵兽它们是依靠北部森林的超比多兽去的途中，于是勇和加奥兽也打算一起去。

这时，火焰兽突然出现。它就是使草原和沙漠突变的罪魁祸首。为了保护阿勇，加奥兽吃了火焰兽的必杀技火焰重拳…

【第09话 黑之核】

■2006年08月21日 月刊V-jump杂志 2006年10月号 刊载

火焰兽被巴鲁巴兽操纵并炎之恶魔化。 陷入危机的阿勇，加奥兽为了保护他正中火焰兽的必杀技被打倒。 阿剑他们乘坐机车兽赶来，听说情况后的阿剑让亚古兽进化成大地暴龙兽。由于看到DP强于对手于是大地暴龙兽开始轻视火焰兽。 面对火焰兽的再生能力打击技能无效。

大地暴龙兽放出必杀技超级火焰、火焰兽吸收了火焰攻击更加巨大化。 而后大地暴龙兽被火焰兽的得意技岩浆炸弹击中。 无论是打击技能还是火焰技能都行不通，火焰兽因为和大地暴龙兽的属性是相同的。期间，加奥兽发现了火焰兽左胸的黑色的球体。向日葵兽们也投入战斗，但不是火焰兽的对手。

火焰兽再次放出得意技岩浆炸弹，就在陷入危机之时，从阿勇的身体里溢出数码之魂。接受了阿勇数码之魂的力量，加奥兽进化成了成熟期的加奥加兽。加奥加兽的额头上有Mu端子，那是“兽”之记忆体。所以加奥兽也是变异种。

但是、阿勇的数码之魂是突然爆发，因此加奥加兽是不完全进化。会马上退化，在那之前，它放出了把泉水卷成漩涡的必杀技「螺旋吹袭」。在火焰兽的身体再生之前，大地暴龙兽击破了植入它身体中的黑之核。2人的合作终于破坏了火焰兽的黑之核。

火焰兽因为被巴鲁巴兽植入了黑之核，所以受到了控制。只要巴鲁巴兽还在，今后还会有更多的数码兽会受伤…… 于是阿剑他们坚定了打倒巴鲁巴兽的决心，前往北部森林的绿色乐园。

但是，那里已经化为了一座死亡的森林……

【第10话 少女诺伦】

■2006年09月21日 月刊V-jump杂志 2006年11月号 刊载

封龙兽战败受伤。被选中的杰出军队数码兽消除部队认为丢面子的士兵是没有必要的，于是删除了封龙兽。俯视那个被抓住的少女，诺伦。巨大的超比多兽的角掉在了她的面前，在那里的还有黑骑士和啄木鸟兽。诺伦和黑骑士关系好像很亲密。巨大的角是打倒北部森林的大独角仙兽的战利品。

另一方面，阿剑他们和向日葵兽它们共同向北部森林前进。但是，那里已经化为焦土。他们和在那里的小比多兽交谈打听到了事情的经过。黑骑士和啄木鸟兽为了得到大独角仙兽的虫之数码记忆体而来到了北部森林。大独角仙兽受到它们攻击，被啄木鸟兽借用巴鲁巴兽的黑暗力量进化为三咫乌兽击败而消失。

向日葵兽它们留在了北部森林，阿剑急忙先行一步。即是亚古兽和加奥兽是变异体也从未胜过完全体，

听说强敌三咫乌兽的事后，亚古兽和加奥兽不也进化成完全体是没有希望赢的。

黑骑士得到了虫·草木的数码记忆体，8个数码记忆体还剩4个。他为了巴鲁巴兽构建理想世界野心而战。面对黑骑士诺伦反驳他，劝他恢复正常。

疲劳积累的黑骑士首先回到了现实世界。桌子上的年幼时候阿剑和阿翔的照片……桌旁的少女诺伦的样子……

【第11话 比兹兽的秘密】

■2006年10月21日 月刊V-jump杂志 2006年12月号 刊载

3年前，在童年时的好朋友阿剑、阿翔、亚美、阿勇4人面前出现了一个神秘少女，诺伦。“你们所说的…数码兽…是什么？”诺伦的提问浮现在脑海里。

黑骑士和啄木鸟兽打倒了大独角仙兽。啄木鸟兽把“虫·草木”的数码记忆体献给了巴鲁巴兽后离开了那个地方。但是，在那之前翔就被分子兽秘密监视了。分子兽告诉了黑骑士与被囚禁中的诺伦密会，不过巴鲁巴兽信任对啄木鸟兽的黑骑士忠诚，于是啄木鸟兽离开那个地方。

另一方面，阿剑他们乘坐机车兽来到了光之城。亚美在客车中到处寻找不见了的比兹兽。然后，加奥兽听到了阿勇和机车兽的对话。因为看到阿勇和机车兽和关系很好，加奥兽显得有点嫉妒而焦躁。

比兹兽在客车内被阿剑和亚古兽做无理的战斗训练。发现后发怒的亚美痛打亚古兽，在被她教训不关爱之类的话之时，机车兽的线路上出现了神秘的建筑物。

因为绕道要花费过多时间，于是大家决定去那个建筑物。但是，那里却是个数码世界的世外桃源——天堂温泉。他们受到天女兽和迪路兽做的高级菜款待。阿剑十分羡慕天女兽的悠闲，亚美带着比兹兽去了温泉。亚美说加奥兽忌妒，不过自己却发现阿剑忌妒的心情。

此时，天女兽出现在亚美面前。天女兽显现出了本性，温泉是机油，饭菜是虫子，全部都是虚幻的。原来，天女兽的真面目是伪装的分子兽。亚美为了保护被分子兽攻击的比兹兽，让比兹兽发挥出了作为变异种的能力，比兹兽的胸部聚集着数码记忆体。

不想失去重要的亲人，亚美的心情传达到了比兹兽，幼年期的比兹兽进化成了究极体海天使兽！海天使兽使用自己的能力使分子兽丧失了斗志。随后阿剑他们从分子兽身上刺探出了光之城的路。

于是，比兹兽也学会了进化的能力，大家重新以光之城为目标前行。

第一卷 欢迎来到数码兽网络游戏

Battle 01 欢迎来到数码兽网络游戏！！

Battle 02 黑翼的骑士！

Battle 03暴龙兽VS啄木鸟兽！

Battle 04 恐怖的削除军队

Battle 05 勇跟加奥兽

Battle 06 i-Land！

第二卷 光之城

Battle 07 VS炮蜂兽！

Battle 08 太阳沙漠

Battle 09 黑之核

Battle 10 少女诺伦

Battle 11 比滋兽的秘密！

Battle 12 光之城！

第三卷 完全体 跃升暴龙兽

Battle 13 另一个贤者！

Battle 14 再会！

Battle 15黑暗区域

Battle 16 完全体跃升暴龙兽

Battle 17 我……！

Battle 18 突破炎之壁！

第四卷 与未来的战斗

Battle 19 天界！

Battle 20 死斗·三将军！

Battle 21 对神器 数码兽双子机！

Battle 22 魔王巴尔巴兽！

Battle 23 NEO！

Battle 24 与未来的战斗！

Final Battle 数码世界!