数码宝贝从成熟期进化的方式也有所不同，少了徽章的辅助，改由两个成熟期数码宝贝合体进化成为一个完全体数码宝贝；完全体数码宝贝可以究极进化成究极体数码宝贝。其中以本宫大辅与一乘寺贤的数码宝贝帝皇龙甲兽最具代表性。

本作并不只有现实和数码世界，尽管第一季和第三季中都有“其他世界”这个字眼，但充其量地从人物的对话中提及，然而，本季却能真正地列出其他的世界，有列举了两个，一个是“黑暗之海”，另一个是思维与现实一致的世界，剧场版中也出现了网络世界。其实除了这五个世界外，还有很多个世界尚未发掘。第二部影片的视野也变得更大，数码世界可及的范围可延伸至美国，双方可以在特定情况下进行来往。在现实世界数码宝贝的移动范围也从日本延伸至世界各地，可达中国的香港九龙，法国的巴黎，俄罗斯的莫斯科、美国的纽约、墨西哥的古玛雅遗迹、以及澳大利亚的悉尼黄金海岸等地。

新的“神圣计划”，可以将储存在D-T暴龙机中的数码装甲数据调出并叠加在相应数码宝贝上。也可以完成初代神圣计划的普通进化功能，另外在适当时机，可以通过两台D-3将两只数码宝贝合体进化为单一只数码宝贝。

由于主角们的搭档被限制进化，所以借助此物的力量。是一种古代被封印的力量，通过这种力量进化而得的数码宝贝为装甲体。数码装主要分为与进化相关的，与技能相关的，与抗体等特殊能力相关的等。

本片中登场的徽章有勇气、友情、爱心、纯真、知识、诚实、光明、希望、奇迹、温柔10种，剧场版附加命运。

D-Terminal，简称D-T暴龙机，可以传递E－mail、储存数码装甲蛋的机器，因为有这个机器的存在，一只兽才有可能进化成两种不同的数码宝贝。

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主要音乐

角色主题曲

圣诞特辑

女儿节特辑

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WS游戏《数码兽大冒险2：双人驯兽师》

在《我们的战争游戏》的事件后不久，有遗漏的ディアボロモン（超恶魔兽）逃到数码世界中，因此玄内与妖精兽请求八神太一与秋山辽的救援。

在小贤家观战的秋山辽，与一乘寺贤ㄧ同被V仔兽带到数码世界，而秋山辽与V仔兽做为暂时搭档率先前往打倒超恶魔兽，没想到，这只超恶魔兽其实是复活的

千年兽所设下的陷阱。紧接而来引发的大爆炸，让数码世界被分成两个ミラーサイト（镜面世界），秋山辽与一乘寺贤被分开在两个不同的世界，而才刚来的八神太一代替一乘寺贤被卡在狭缝间无法动弹，对外（现实）的连系全都断线。

为了恢复数码世界，秋山辽与V仔兽、以及对太一代替自己而愧疚的一乘寺贤与虫虫兽，分别在两个世界中开始冒险。打倒黑暗势力让分散的大陆连接起来，并再度击破千年兽，以及其内心世界的精神体ムーン=ミレニアモン（月=千年兽）。

最后，小贤为了保护秋山辽与太一，替他们挡下了千年兽最后朝他们攻击的黑色之种。从这之后，虽然伤好了，但小贤的内心也开始有些改变。

WSC游戏《数码兽大冒险2：D-1驯兽师》

于《双人训练师》过后几周，疗伤中的小贤在网路上找到一个奇怪的网页，前来探病的秋山辽将网页上有关千年兽的问卷做完后，又被召换到了数码世界。

这次，是四圣兽所举办的D-1大赛，四圣兽（问卷选择而改变）认为其它三体已经黑化，打醒他们，便举办了这场大赛来选出自己的搭档“四圣兽的战士”为此，召唤了世界各地的“被选召的孩子”与新首训练师们互相对战。

大赛进行到后半，开始出现许多异样的情况，秋山辽打倒八神太一乘唯D-1大赛冠军之时，四圣兽才向他吐明真相，圣兽黑化只是个幌子，整场D-1大赛都是为了辽而准备的修练。目的就是要让他去打倒这个世界上除了辽以外无人能打倒的复活的千年兽。

最后，辽打倒了千年兽或得了胜利，但却因为千年兽最后所引发的时空大爆炸卷入，秋山辽和千年兽从现实与数码两个世界中消失。

《数码宝贝2》为第一季的续篇，时间设定为上次大冒险结束的三年后，尽管播放效果较好，但制作原因明显是因为第一步受到的欢迎程度，由此引发出了一系列争议，特别是有关结局的争议较大。在本季的最后一话中，描述25年后的孩子们的生活与他们的小孩，并以此作为完结，但是其在深度上没有达到一个升华。（动漫星空 评）