文渊阁建成于乾隆四十一年（1776），位于紫禁城内的主敬殿后。乾隆四十六年十二月（1782），第一部《四库全书》缮写告成，入藏阁内。民国时期，由故宫博物院接管。1933年春天，日寇侵略热河，北平地区形势十分危急。故宫博物院将文渊阁本《四库全书》连同所藏其他历代文物装箱南迁，运至上海。抗日战争全面爆发，又辗转数千里运抵蜀中。抗战胜利之后复运抵南京。国民党政府从大陆撤退时，运往台湾，现藏台北故宫博物院。

台湾商务印书馆和上海古籍出版社影印较早，使用也较广泛，均在海内外数百家图书馆有收藏。