更新时间：2021-06-22 10:32
斗六车站为跨站式车站，购票及服务设施设在2楼大厅，与前后站均有连通。月台设有岛式月台两座。二楼大厅也有无障碍电梯和月台、前后站出入口联络。
自强号（不含普悠玛号）：除143次（逢周五行驶）不停靠外，其余皆停靠（其中102次以本站为起点）。
莒光号（观光列车）：皆停靠。
莒光号（不含观光列车）：皆停靠。
区间快车：皆停靠。
区间车：皆停靠（其中3231次以本站为起点站，3192次以本站为终点站）。
本站开放使用悠游卡、一卡通、icash2.0以及HappyCash进出站。
旅客人次排名为全台第26名。
站内设施
台西客运：
云林客运：
嘉义客运、台西客运联营：
日统客运：