他的父亲是乔治六世·巴托里，母亲是爵格非家的遗孀安娜·巴托里。

斯特凡十二世年轻时到处求学，成年后娶了杜盖特家的芙里琪娜。斯特凡十二世以学识闻名于世，在此人治下，艾切德俨然成了当时的文化之都，人文主义学者和传教士络绎不绝。1585年，二伯父米克洛斯·巴托里去世，斯特凡十二世接替了他，成为了下一任国家法官。

1601年，一位同名的亲戚斯特凡·巴托里死后，斯特凡十二世收养了他的一双儿女：加布雷尔·巴托里和安娜·巴托里，还让他们放弃天主教，皈依加尔文宗。

在1604年年底，斯特凡十二世支持斯特凡·博奇考伊发起叛乱，意图趁乱大捞一笔。然而他在1605年7月25日就去世了，来不及看到博奇考伊战胜哈布斯堡家。因为没有儿子，养子加布雷尔·巴托里继承了他的家产，他也因此成了博奇考伊麾下最有影响力的领主之一。