1469年春，斯特凡对流亡在特兰西瓦尼亚的三堡郡的阿隆发动了进攻（马加什一世也是特兰西瓦尼亚大公，他的父亲就是亚诺什·匈雅提），终于在奥尔比克乡抓住并杀死了阿隆，巩固了大公之位。

1461年，瓦拉几亚大公弗拉德三世拒绝向穆罕默德二世纳贡称臣，在次年被土耳其的军队推翻，流亡匈牙利，美男子巴萨拉布·拉杜大公被奥斯曼人扶上瓦拉几亚大公的位置，这样土耳其向欧洲又推进了一步。

斯特凡大公执政时期摩尔多瓦的周边环境十分恶劣。南方，奥斯曼军队正在步步进逼；西方，匈牙利对摩尔多瓦虎视眈眈；东方，鞑靼部落经常过来打草谷；北方的波兰立陶宛王国也想吞并摩尔多瓦。为了保卫祖国，斯特凡大力加强军事力量，他的亲自参与下，摩尔多瓦全国组建起御军约1000、禁兵约3000人，这两只部队由全国各地的中、小地主组成，装备精良、训练有素；义勇军骑兵4千人，由自由农组成，自费配备长矛、弓箭、刀剑；非正规骑兵（约3万人）也由自由农组成，平时生产，战时由村长召集，武器主要是棍棒、斧头、镰刀、弓箭，农民步兵2万人，武器是两头尖的梭标和大刀。斯特凡大公亲自为部队购置武器。军队中还有少量使用新式武器的炮兵，使用土制霰弹。

1470年8月，伏尔加汗马马克统帅鞑靼部落大举入侵摩尔多瓦，斯特凡在得到克里米亚的门格里·吉拉伊的预先通知后采取诱敌深入的战术，让人民躲进森林，并采取袭扰战术袭击鞑靼人的后队，鞑靼人担心后路被截断，被迫撤退，但是走到白堡和索罗卡一带遭到袭击，鞑靼军队因为携带了太多掠夺来的物资而行动缓慢，正准备渡过德涅斯特河的时候，斯特凡大公突然发起袭击，鞑靼人在利平齐一带被包围，由于行军疲惫，所以难以抵抗摩尔多瓦军队的突击，8月20日，鞑靼人全军覆没，马马克的儿子和弟弟都被俘后处死。

为了对抗奥斯曼帝国的入侵，斯特凡大公和匈牙利改善关系建立反土同盟，又和威尼斯共和国加强了关系，同时，还和亚洲的反对土耳其的土库曼白羊王朝统治者乌宗·哈桑建立同盟。此时，瓦拉几亚已被土耳其人控制，1472年7月，乌宗·哈桑与穆罕默德二世在西亚交战，他派出了使者要求斯特凡联手对付奥斯曼，于是在准备一段时间后，斯特凡大公率领军队入侵瓦拉几亚，于1473年11月18日在一个叫水泉的地方发生了激战，瓦拉几亚大公、“美男子”拉杜三世的军队被打败，拉杜三世逃亡至奥斯曼境内。随后，斯特凡扶持老巴萨拉布·拉约特为瓦拉几亚大公，把他的妻女带回摩尔多瓦，交由夫人曼古普的玛丽娅照顾。但等到斯特凡回到摩尔多瓦后不久，老巴萨拉布·拉约特害怕奥斯曼帝国的力量，依然选择臣服奥斯曼帝国，瓦拉几亚重新落入土耳其的控制下。

主词条：高桥之战

1474年夏，穆罕默德二世要求摩尔多瓦向奥斯曼帝国交纳贡金，并交出白堡和基利亚这两座重要的港口城市，斯特凡拒绝，同时向波兰国王卡西米尔四世和匈牙利国王马加什一世求援，但无法得到实质性的援助。

同年的圣诞节，奥斯曼帝国派遣宦官苏里曼为总指挥，统帅号称12万的大军入侵摩尔多瓦，而斯特凡只有4万多军队（包含战兵和辅兵）。面对这种情况，斯特凡在紧急御前会议上对大臣们说：“上帝遣来异教徒，不是为了考验我们的勇气，而是为了考验我们的信仰。”在战争伊始，斯特凡使用惯用的坚壁清野战术，且战且退，甩开规模庞大的奥军。此时的霖雨连绵、地下洪水不断的气候也对奥军不利，一直到1475年的春天，战争还没有什么进展。

1475年1月10日，斯特凡挑选瓦斯卢伊附近的一座高桥发动伏击，这里地处拉科瓦河和伯尔拉德河的汇流处，是一块沼泽，两面背水，大兵团无法展开。摩军的机动部队趁着浓雾不断骚扰苏里曼的先头部队，诱使其追击，陷入埋伏圈，随后摩军精锐趁势从正面发动攻击，奥军限于地形，无法展开，一片混乱，苏里曼下令后撤。这时，斯特凡从奥军侧翼和后方发起突击，奥军顿时陷入恐慌，在沼泽和树丛中溃退，结果自相践踏，损失惨重。摩军乘胜追击，到第三天结束战斗。此役，摩军以4万军队大败12万奥军，俘虏了领军帕夏和八名总督。被俘的土军将领表示愿意用钱赎身，斯特凡加以拒绝，他说：“如果你们那么有钱，还到我这里来干什么？”1月25日，斯特凡向基督教国王们写了一份拉丁文的公函，公函写道：“我们凭着我们的基督教信仰和我们的王朝起誓，我们将昂然挺立，为基督教的教义战斗到死，我们托庇万能的上帝的帮助，已经斩断了邪教徒的右手，如今你们诸位也应该这样做，无论是在海上还是陆上，立即严阵以待。”

主词条：白谷之战

高桥的失败，使穆罕默德二世大为震怒。1475年5月，奥斯曼舰队从伊斯坦布尔出发，直取克里米亚半岛，穆罕默德二世亲自指挥大军，迅速攻下克里米亚南部的重要港口、属于热那亚共和国殖民地的卡法。在奥军的威慑下，克里米亚汗国大汗门明格里·格莱同意臣服于奥斯曼帝国，这使得摩尔多瓦的东部边境受到威胁。斯特凡明白穆罕默德二世在为入侵摩尔多瓦做准备，所以一面将摩军主力集结到雅西一带，另一方面向波兰和匈牙利求援，却仍未得到重视。

1476年5月，穆罕默德二世的使者来到苏恰瓦，要求斯特凡纳贡称臣，遭斯特凡严词拒绝。5月13日，穆罕默德二世率领号称15万大军大举进攻，除了这些土耳其军队外，还有1万2千名瓦拉几亚军队，另外，东方的已经臣服于穆罕默德二世的鞑靼人也于6月出兵进攻摩尔多瓦，而摩尔多瓦只有1万2千正规军，但战斗力很强。

斯特凡大公陷入两面作战的危机。斯特凡大公半数的兵力布置在城堡中坚守，其余的轻骑兵部队进行机动的袭扰作战，不断的零打碎敲，消耗土耳其的军队。由于坚壁清野，所以苏丹的大军不得不依靠民夫从后方运输给养，这样给了斯特凡的军队袭击补给线的机会，另一方面摩尔多瓦的城堡和工事十分坚固，守备也很顽强，苏丹的大军在攻打城堡的作战中进展的并不顺利。就这样耗着，直到7月26日这一天，在白谷这个地方，双方发生激战，重创了土耳其军队，但是摩军也伤亡惨重，被迫撤退。

白谷之战实际上是斯特凡三世战败。不过由于天气炎热，干旱加上补给困难，同时军队疫病流行，土耳其军队陷入疲惫不堪的境地，加上匈牙利人及时来援，土耳其大军实在难以支撑，终于穆罕默德二世的决心动摇了，大军撤出了摩尔多瓦，摩尔多瓦军民终于成功的抵御了土耳其大军的第二次入侵。

1481年穆罕默德二世去世了，他的儿子巴耶塞特二世继承了帝位，他在上台不久，花了几年时间巩固帝位后，开始准备进攻摩尔多瓦。土耳其舰队从伊斯坦堡出发，土耳其新军从陆路出发，两只大军于1484年7月6日对多瑙河口的基利亚发起了进攻，战斗十分猛烈，三天后告急文书才送到苏恰瓦，又过了5天，摩尔多瓦重要的战略要地和经济城市基利亚陷落，全体守军战死。7月20日，大军对白堡的进攻开始了，10几天后，白堡陷落。这两个位于多瑙河和黑海的港口城堡每年给摩尔多瓦带来大量的收入。摩尔多瓦失去白堡（别尔戈罗德）和基利亚。这不仅使摩尔多瓦失去了出海口和屏障，其所处的军事环境大大恶化。这里成为土耳其进攻摩尔多瓦的基地。多瑙河已不再是天然屏障。土耳其军队可以在数天内到达摩尔多瓦的腹地。形势十分严峻，斯特凡大公制定了一个计划，派遣几十名敢死队员秘密潜入白堡，配合城内居民，里应外合打开城门，但是由于叛徒泄密，计划失败。

白堡的陷落，不仅损害了摩尔多瓦的利益，也使波兰的经济利益受到损失，波兰国会于1485年3月通过了支援摩尔多瓦的决议。同年9月15日，斯特凡率领贵族和大臣到达波兰的科纳米亚，向波兰国王卡齐米日四世宣誓效忠，签订条约。11月，土耳其军队再次入侵，波兰派出3000骑兵支援，在卡特拉布加沼泽歼灭了来犯的敌军。次年的春天，赫罗摩特率领土耳其军队再次来犯，从喀尔巴阡山西侧开始入侵，沿塞列特河北上，扑向苏恰瓦。在罗曼城附近的什凯亚山口，摩军设下埋伏，土军被引入包围圈，全军覆没，赫罗摩特被俘后处死。这是1486年的3月6日。但是这次波兰没有派出援军。

支持摩尔多瓦的匈牙利国王早在1483年就和苏丹签订和约。波兰与摩尔多瓦的关系也由于贸易通道的中断而趋于冷淡。1487年波兰背信弃义的和土耳其签订了和约，摩尔多瓦公国陷入孤立无援的境地。

1489年，斯特凡被迫向土耳其开始每年交纳4000杜卡特金币的贡金，并把自己的儿子小亚历山德鲁送到伊斯坦堡做人质。1526年，也就是斯特凡去世22年后，摩尔多瓦被土耳其吞并，丧失独立达300年之久。

不过需要指出的是，在奥斯曼统治初期，摩尔多瓦与奥斯曼帝国的其它统治区不同，仍然拥有内部自治权：1、土耳其人尊重摩尔多瓦的疆界；2、尊重国家对君主的选择，苏丹保留批准权；3、苏丹不干涉摩尔多瓦的内政；4、摩尔多瓦有权保护自己免受潜在的侵略。同时，摩尔多瓦必须承认奥斯曼帝廷的宗主权，必须履行所承担的物质和军事义务（支援土耳其人），不得同其他国家缔约。

在摩尔多瓦对土耳其表示臣服后，渡过了一段和平的时期。波兰的卡齐米日四世国王让长子弗拉第斯拉夫·雅盖洛于1490年当上了匈牙利国王，二子约翰·阿尔布雷特（约翰一世）于1492继承了波兰王位，另一个儿子亚历山大·雅盖洛当上立陶宛大公，只剩下第四个儿子西吉蒙斯没有封地了。新的波兰国王想给他的弟弟西吉蒙斯找块封地，就看上了摩尔多瓦大公的位子。

1497年9月，阿尔贝特国王率领军队以讨伐土耳其为由出兵摩尔多瓦，渡过德涅斯特河，到达米赫尔切尼，并向科茨马尼进发，斯特凡派出两个大臣去谈判，但是被赶回去。大军很快兵临苏恰瓦，但是攻城战进行的很不顺利，所以国王决定采取围困，但是摩尔多瓦的坚壁清野又使得波兰军队补给困难，而守城的军队储备的粮食却很充足，而且还不时出城偷袭波兰军队，这时，特兰西瓦尼亚大公巴尔托洛梅乌·德拉格菲率领1万2千人来解围，经过特兰西瓦尼亚大公的斡旋，波兰国王同意撤兵，但被要求按进入摩尔多瓦的路撤军，而波兰军队走的是别的路，为了获得给养。这样矛盾就发生了，1497年10月26日下午，当疲惫的波兰军队走到科斯明森林的时候，埋伏在这里的摩军发动了袭击，滚木将波兰军队冲的七零八落，突然出现的摩军杀的波军大败，溃败的波军向科斯明撤退，但是摩军骑兵控制了侧翼和道路，国王的军队被分割包围，约翰·阿尔布雷特国王在部下的拼死冲杀下冲出重围，逃到西亚丁，号称8万的波兰军队损失惨重。

1498年6月22日，在经过半年的恢复和准备后，斯特凡率军讨伐波兰，进攻特伦博拉堡、波德哈埃茨和里沃夫，并占领了波库西亚，这年，东方的鞑靼人也对波兰实施了袭扰，在这种双重压力下，约翰·阿尔布雷特国王被迫和斯特凡和解，在1499年7月12日签订了平等的和约，废除了从属的藩臣关系，结束了科洛米亚宣誓的屈辱。

1504年7月2日，斯特凡在苏恰瓦去世。

在斯特凡逝世不到三十年后，波兰国王齐格蒙特一世称赞他为“伟大的斯特凡”。

中国学者康春林、李祖训在《外国历史名人传·古代部分》中评价：他（斯特凡）在位四十七年，一生共经历大小战役三十六次。在许多次战役中能身先士卒，以少胜多，出奇制胜，是一位勇敢而有谋略的君主。他作为一个小国的君主，面对当时处于兴盛时期的土耳其的侵略，临危不惧，进行了英勇而顽强的抵抗。他的行动代表了民族和人民的利益。虽然由于力量悬殊而最后失败，被迫称臣纳贡，但他1475年反土战争胜利的光辉以及贯穿于他一生的维护国家生存，争取民族独立的精神，对后来的罗马尼亚人民一直是一种巨大的鼓舞力量。

罗马尼亚的苏恰瓦有苏恰瓦斯特凡大帝大学（参见词条苏恰瓦史蒂芬大帝大学）。

1974年电影《斯特凡大公》：Gheorghe Cozorici饰演斯特凡。