2003-04赛季，斯蒂芬·李在2003年英锦赛中6-9负于巴里·平奇斯，止步于十六强赛；在2004年大师赛中4-6不敌约翰·希金斯，止步于四分之一决赛；在2004年世锦赛中7-10不敌李·沃克，止步于三十二强赛。此外，李当赛季在英国公开赛和欧洲公开赛中止步于半决赛，在威尔士公开赛和爱尔兰大师赛中止步于十六强。赛季结束后，李的世界排名跌至第9。

2004-05赛季，李在2004年英锦赛中打进四分之一决赛，最终总局分4-9不敌史蒂夫·马奎尔，无缘半决赛。在2005年大师赛和世锦赛的十六强赛中，李分别以1-6和9-13的总局分负于斯蒂芬·亨得利和彼得·艾伯顿，止步于十六强。此外，李当赛季参加爱尔兰大师赛，止步于四分之一决赛；参加大奖赛、英国公开赛和中国公开赛，止步于十六强。

2005-06赛季，李在2005年英锦赛的三十二强赛中总局分4-9不敌尼尔·罗伯逊；在2006年大师赛的半决赛中5-6负于罗尼·奥沙利文，无缘决赛；在2006年世锦赛的十六强赛中9-13再次不敌尼尔·罗伯逊，此后再未打进世锦赛十六强。2006年威尔士公开赛中，李打进决赛，在决赛中以9-4的总局分击败肖恩·墨菲，获得冠军。此外，李当赛季在中国公开赛中止步于四分之一决赛。

2006-07赛季，李在2006年英锦赛的十六强赛中总局分2-9不敌约翰·希金斯，在2007年大师赛的四分之一决赛中2-6不敌丁俊晖，在2007年世锦赛的三十二强赛中7-10负于马克·塞尔比。此外，李当赛季在北爱尔兰杯的比赛中止步于半决赛，在大奖赛和马耳他杯中止步于十六强。赛季结束后，李的世界排名跌至第13，自1997-98赛季后首次跌出世界前十。

2007年英锦赛和2008年世锦赛中，李分别以8-9和4-10的总局分负于马克·金和乔·斯维尔，均止步于三十二强赛。2008年大师赛中，李职业生涯首次打进斯诺克三大赛（Triple Crown）的决赛，最终总局分3-10负于马克·塞尔比，获得大师赛亚军。此外，李在2007-08赛季参加上海大师赛和威尔士公开赛，止步于四分之一决赛。赛季结束后，李的世界排名跌至第26位。

2012-13赛季，斯蒂芬·李参加在中国张家港举办的世界职业球员巡回赛亚洲站（APTC）第1站比赛，决赛中3-4负于斯图尔特·宾汉姆，获得亚军；在中国宜兴举办第2站比赛里，李在决赛中4-0横扫丁俊晖，获得冠军。此外，李当赛季参加澳大利亚公开赛，止步于四分之一决赛；在上海大师赛和斯诺克六红球世锦赛里止步于十六强；参加世界斯诺克球员巡回锦标赛（PTC），在第3站止步于四分之一决赛。

2012年10月12日，因为在10月11日负于约翰·希金斯的斯诺克超级联赛比赛中涉嫌赌球，李被世界台联禁赛。2013年9月25日，世界台联宣布，因为认定李在多场比赛中打假球，决定对李处以禁赛12年的处罚，禁赛期自2012年10月12日起算，至2024年10月12日结束。

2022年10月，李表示在禁赛期结束后，自己并不排除复出参赛的可能。

2005年，李和他的长期伴侣劳拉完婚，两人育有4个孩子。李的儿子阿尔菲·李出生于2003年7月13日，也是一名斯诺克球员。

参考资料来源于

他本应该被终身禁赛，但禁赛12年也足以结束他的职业生涯了，所以他应该去找点其他的事情做。因此超过10年的禁赛期都是对的。（2019年世锦赛冠军贾德·特鲁姆普 评）