初号机时，并未在他该在的地方，美里也因担忧真嗣安危而前往其所在之处。只想着要逃避的真嗣与重拾精神及自尊的明日香，这2人形成了明显对照。明日香驶着贰号机，力战Seele派出的9台EVA系列机，最后却败于朗基努斯之枪之下，并被其他EVA系列机给吞食。真嗣对自已没有自信也怕伤害别人，但是最后也因为初号机的觉醒、感应到母亲，他还是搭上了初号机。另一方面，绫波丽则是离开了碇源堂，不再做他的洋娃娃了，并回到莉莉丝身上，引导了第三次冲击的发生。真嗣深怕伤害别人的想法，与看见贰号机惨状之下，他最终还是与丽同化，引发了第三次冲击。使徒所持有的生命之果与人类所持有的智慧之果，同时拥有这两者的EVA初号机将成为与神同等的物质，今后他会在第三次冲击的虚无中，成为拯命人类的方舟?亦或是毁灭人类的恶魔？