新干线站台及在来线站台均设于地面，而车站大堂则设置于2楼。新干线站台有独立的验票口，亦设有闸机，车站亦由无人站昇格为设有站长等职级的直营站。站内设有2个新干线站台及4个在来线站台，而日后当新干线伸延至札幌时，整个站体将会设有3个新干线站台及5个在来线站台。新干线及在来线站台的有效长度同为10辆，而新干线的站台闸门采用了黄色为主调。

由本州方向乘坐新干线的乘客当到站后（通常使用11号站台），只需穿过分隔在来线与新干线站台之间的验票机，便能快速转乘1、2号站台的在来线列车（情况类似在来线特急列车和普通列车转换），而不需要像目前一般新干线车站的转驳，需通过一般是设置在车站大厅处的验票闸门才能进行转乘。

由于新干线车站与函馆站相距18公里，JR北海道增设了快速列车来往函馆站及新函馆北斗站间，并采取九州新干线全线通车前新八代站的同站台转乘作法，利用函馆本线接驳旅客前往函馆市区。最初列车命名为“Access”，2014年11月，公布将采用最新型的733系1000番台电联车行走，并安排4列3辆编成的列车行走此路段，并进行列车名称召募活动，2015年2月12日正式公布列车名称为“函馆liner”（はこだてライナー）。并于12月18日公布正式时间表，每天对开16班列车，当中部分为快速班次，只停靠函馆、五棱郭及新函馆北斗三站 。另外，来往札幌站的特急“北斗”也随新干线开通时加停本站，区间车方面，除了下午一班外，其余的亦由七饭站伸延至本站，至于过往部分班次取道藤城支线来往大沼站的安排亦于当日起取消。