在准备进攻前哈曼派部下向各殖民地使者协调，以免除后患之忧。随后，哈曼正式打出“新吉翁”的旗号向地球联邦宣战，是为第一次新吉恩战争。在第一次新吉翁战争时期，新吉翁投入了更强的战力，目地要向地球联邦军割让当时由亲联邦的吉翁共和国实际控制区Side3给新吉翁。战争初期新吉翁完全掌握优势，但最后却因格里米·托托发动叛乱，令新吉翁损失多数战力，以近乎自毁的状态败给了由奥古主导的地球联邦政府，在新吉翁内战中双方的领导人死去，同时第一次新吉翁战争结束。

虽然新吉翁于第一次新吉翁战争中战败。但这并非是新吉翁部队从物理上被地球联邦消灭，或者是新吉翁部队对联邦的投降。其实质是失去领导的新吉翁部队丧失了对地球联邦继续进行作战的战争能力。因此虽然失去了统一领导，但原新吉翁军仍有大部继续潜伏于地球圈各处。而同时期的地球联邦军也元气大伤，没有足够的兵力去肃清这些残存的新吉翁军部队。

第一次新吉翁战争结束后，原本于格里普斯战役中失踪的夏亚·阿兹纳布尔再度现世，并以其威望重新领导处于溃散状态的新吉翁军。夏亚整合了原新吉翁军残部，并继续完成了于第一次新吉翁战争末期开始建造的各类新型MS和战斗舰艇。

与之前的吉翁公国和哈曼领导的阿克西斯新吉翁不同的是，夏亚公开宣称继承其父吉翁·兹姆·戴肯的遗志，代表全体宇宙移民。虽然其把斗争的矛头直指在地球统治宇宙移民的地球联邦政府。并把地球圈自一年战争后战乱不断的现象归结于地球联邦政府的腐败无能和其对战争难民的歧视和不闻不问。但同时也否定了领导吉翁公国发动一年战争的萨比家集团以及挑起第一次新吉翁战争的新吉恩前领导人哈曼·卡恩，在夏亚看来，他们只是为了一己私欲而发动战争，根本不曾将宇宙居民的福祉放在心上。而此时的宇宙居民们在一年战争后的十年间经历了数次战乱，日常生活不可避免地收到了冲击。夏亚的政治主张赢得了相当一部分宇宙居民的拥戴。因此，夏亚不仅仅召集了相当一部分原吉翁公国军和阿克西斯军残部，同时新生的新吉翁军中也有许多希望推翻地球联邦政府对宇宙移民统治的宇宙移民群体加入。经过一系列的动作后，新生的新吉翁军已经初具规模，并占领了SIDE-2的难民收留殖民地“甘泉”做为新生新吉翁的根据地。

在占领甘泉后，新吉翁一直在积极进行着战争准备。而此时的地球联邦政府因为不曾预料到夏亚依然幸存，更不曾料到原本已经溃散的新吉翁军重新崛起，因此在战前很长一段时间对于战争毫无准备，也无法完全阻碍新吉翁军的行动。战前对战争的准备上，新吉翁可谓大大领先于地球联邦。而最迟在U.C.0092年时，夏亚就已经制定了日后对地球联邦政府的作战计划——“地球寒冷化作战”。

卡斯瓦尔·雷姆·戴肯正式率领部队重新占领宇宙殖民地Side1甘泉，于U.C.0093年2月27日在一档电视节目上正式对地球联邦政府宣战，第二次新吉翁战争就此爆发。其后新吉翁开始发动地球寒化作战，并进攻并击退隆德·贝尔部队，并占领了月神5号。其后月神5号被新吉翁点燃了其装备的核融合引擎，并将月神5号丢到地球联邦军的新总部拉萨。

新吉翁在秘密的情况下和地球联邦军缔结和平协定，地球联邦军要求新吉翁解除武装，而新吉翁就以巨额资金要求地球联邦军让出阿克西斯。在双方签定和约后不足一星期，新吉翁便立即破坏协定，向地球联邦军发动攻击，并占领了宇宙殖民地月神二号，并且夺取基地内的核武器。同时，新吉翁的夏亚亲自率领部队抵达阿克西斯，计划将阿克西斯坠落地球，使地球因为核冬天而无法居住，最终完成「地球寒冷化作战」。

隆德·贝尔队为了阻止阿克西斯的坠落，也秘密调来了核武器，和新吉翁在阿克西斯附近宙域进行激烈的攻防战。其后拉·凯拉姆战舰的工作部队虽成功将阿克西斯切成二半，切断时的爆炸成功地令前半的岩块离开坠落轨道，但后半的岩块只是减速，仍然继续向地球落下。当正在阿克西斯进入大气层时，突然出现了原因不明的光幕（宇宙彩虹），并牵引后半的岩块脱离了其坠落轨道。经过这次战役，新吉翁总帅夏亚行踪不明，战力损失大半，无力继续地球联邦正面对抗，其行动转入地下，日后逐渐形成了地下军事集团——带袖的。第二次新吉翁战争以新吉翁的失败而结束。