16世纪西班牙在波哥大设立了一个审判庭和新格拉纳达王国，当时这个王国的总督仅松松地服从位于秘鲁利马的总督。由于这两个首府之间的通讯非常慢，因此1717年设立了不服从利马的新格拉纳达殖民地（其中短暂中断，后于1739年重建）。本来属于其它殖民政府管理的厄瓜多尔、委内瑞拉和巴拿马后来也归属这个殖民政府管理。这使得波哥大成为西班牙在新大陆的三个主要管理中心（另外两个为利马和墨西哥城）。虽然西班牙偶尔试图加强对波哥大的统治，但是实际上其统治不十分有效。

由于南美洲北部地形复杂多变，而道路又非常缺乏，这使得在殖民地内交通非常糟糕。为了适当地统治边缘地区，在加拉加斯和基多设立了服从波哥大的地方政府。一些分析家认为它们反映了当地的传统区别，最后它们也加固了这些地方传统的不同。最后西蒙·玻利瓦尔的统一企图也未能克服这些区别。