新疆农业大学在创办之初就设有园艺专业，办学历程已近70载，于1952年开始招收专科学生，1980年开始招收本科生，是新疆农业大学传统优势专业。1985年在著名果树学家张钊先生等前辈创建的园艺教研室的基础上，学校正式成立了园艺系，1998年园艺学院正式挂牌，2008年与林学院合并为林学与园艺学院，2021年成立新园艺学院。

学院现拥有园艺学一级学科，先后于1990年和1996年分别获批蔬菜学、果树学二级学科硕士学位授权点，2006年在全疆率先获批果树学博士学位授权点，2009年获批园艺学博士后流动站，2010年获批园艺学一级学科博士学位和设施园艺学硕士学位授权点。果树学于2009年被自治区评为重点学科，园艺学于2016年获批自治区高原学科。

学院园艺专业于2010年被教育部认定为第六批国家级特色专业，2017年获批自治区重点专业，同年获批高职与本科教育衔接“3+2”模式应用型人才培养试点专业，2019年获批自治区一流专业建设点，2021年获批国家一流专业建设点；设施农业科学与工程专业于2011年认定为自治区紧缺人才建设专业，2021获批自治区一流专业建设点。