1863年（同治二年），伊犁塔尔奇回民响应陕、甘各族穆斯林起事，揭开了新疆各族穆斯林起事序幕。库车维吾尔族、回民军一度攻占南疆大部分地区，于1865年被来自浩罕的阿古柏军队击败。

乌鲁木齐各族穆斯林军，曾占领东至哈密、西到精河的北疆广大地区，1872年被清军击破。

伊犁各族穆斯林军曾攻占伊犁，后被沙俄击败。塔尔巴哈台一带回族、哈萨克军于1866年攻占塔城，后被清军占领，起事失败。