（七）负责国省道及管辖范围内专用公路的建设、养护、管理，依法保护公路路产路权。监督指导货运车辆超限治理工作。负责管辖收费公路管理及公路联网收费的组织协调和监管工作。指导地方公路建设、管理、养护、运营工作。

（八）指导交通运输行业体制改革。会同有关部门培育交通运输市场、交通建设市场，负责培育和管理公路养护市场。负责交通运输行业信用体系建设工作。

（九）负责交通运输行业安全生产的监督管理。负责运行监测和应急处置协调工作，监测分析交通运输运行情况，发布交通运输有关信息。指导交通运输厅系统应急处置工作。

（十）制定交通运输行业科技政策，承担交通科技项目管理，组织重大交通科技项目攻关，指导交通运输行业信息化建设。指导交通运输行业环境保护和节能减排工作。组织交通运输行业统计、运行分析工作。贯彻国家有关技术标准，起草相关地方技术规范并监督实施。承担交通运输行业标准化协调工作。

（十一）监督指导交通运输综合行政执法工作。指导交通运输行业的法制宣传、行政复议、行政应诉监督工作。指导交通运输行业职业教育和培训工作。指导交通运输行业开展国际经济技术合作与交流及利用外资工作。

（十二）完成自治区党委、自治区人民政府交办的其他任务。

厅党委书记、副厅长：李学东

厅党委副书记、厅长：西尔艾力•外力

厅党委副书记（厅长级）：刘平

厅党委委员、副厅长：刘艳东

厅党委委员、交通建设管理局党委书记、副局长：杨成连

厅党委委员、副厅长（援疆）：顾志峰

厅党委委员、副厅长，邮政管理局党组书记、局长：邓淼

厅党委委员、副厅长：孙进

驻厅纪检监察组组长、党委委员、二级高级监察官：宋学典

一级巡视员：王永轩

一级巡视员：高仙桂

副厅长级干部：郑明权

安全总监、一级调研员：居来提·吐拉洪

二级巡视员：孔令忠

二级巡视员：李凌杰

二级巡视员：高舜侠

机关党委专职副书记、 二级巡视员：王旭武

一、办公室

承担厅党委、厅机关日常工作事务；承担文电、会议、政务公开、信息、档案、机关财务、安全保卫、信访、建议提案办理等工作；承担重要事项的组织和督查工作。

二、政策法规处

组织拟订交通运输行业地方性法规和政府规章草案；组织交通运输发展重大政策研究工作；指导行业体制改革工作；指导监督自治区行政执法工作；负责自治区交通运输行政执法评议考核工作；指导交通运输行业依法行政和法治建设；指导和监督交通运输行业信用体系建设；承担厅机关规范性文件的合法性审核工作；承办行政复议、行政应诉等工作。

三、综合规划处

组织拟订自治区公路、水路交通运输行业发展规划并监督实施；拟订收费公路的收费政策；会同有关部门编制综合交通运输体系规划；负责自治区公路运输枢纽总体规划审批，指导枢纽场站建设；负责公路工程设计审核工作；承担自治区经营性收费公路管理工作；负责权限内交通运输建设项目的工程可行性研究、初步设计和后期评价工作；负责自治区交通运输行业统计、运行分析及其信息工作。

四、运输管理处

参与编制道路运输发展规划，拟订道路运输、水运、城市公共交通、城市轨道交通有关政策、制度和运营服务规范并监督实施；参与有关交通物流的政策研究；指导城乡客运及有关设施规划和管理工作；负责跨省区道路旅客运输经营许可，跨地(州、市)道路旅客运输经营许可；负责国际道路运输审批及对外联络有关事务；参与编制水路交通行业发展规划和港(渡)口布局规划；指导自治区船舶、船员管理工作；承担船舶检验证书的核发、船舶检验机构资质的申报、复核和船员培训机构初审工作，指导和监督渔业船舶检验工作；指导道路运输、水路运输安全监督和信用管理工作。

五、安全监督处

拟订并监督实施交通运输行业安全生产政策；监督管理有关公路、水路运输企业安会生产工作；指导厅属单位的安全监督管理工作；依法组织或参与有关事故的调查处理和责任认定工作；指导道路、水路运输企业安全标准化达标工作；组织协调公路、水路应急处置工作；负责交通运输系统社会治安综合治理、反恐维稳工作。

六、建设管理处

负责交通运输建设行业指导、市场准入、工程质量、市场管理、信用管理工作；拟订交通运输建设制度和技术规范并组织实施；指导维护公路建设市场公平竞争秩序；承担管辖交通运输建设项目的招投标监督管理工作；承担管辖交通运输建设项目施工图设计审批和设计变更审核、上报、审批工作；负责组织管辖交通运输建设项目的竣工验收工作；指导交通运输建设工程质量监督工作；拟订公路工程补充性造价依据和计价依据；指导交通运输建设行业安全监督。

七、公路管理处

拟订路政管理相关政策、制度和技术规范并监督实施；负责公路养护作业单位资质许可工作；负责因抢险、防汛需要修筑堤坝、压缩或拓宽河床进行爆破作业及其他危及国省道、管辖范围内专用公路、公路桥梁、公路隧道、公路渡口安全活动的许可；对永久性停止使用的公路办理报废手续；负责权限内超限运输车辆行驶公路的审批；负责专用公路改划为省道、县道或者乡道的许可；负责管辖国省干线公路、专用公路的运营管理、监督。

八、农村公路管理处

参与拟订农村公路发展政策和发展规划；指导自治区农村公路的建设、养护、监督检查及其行业管理工作；指导自治区农村公路规划的编制，编报、下达农村公路年度计划；指导交通建设扶贫工作；指导农村公路信用体系建设。

九、财务处

负责管理部门预算资金、专项资金；负责管理交通运输厅系统政府债务、预算绩效、政府采购；负责基本建设项目决算批复；管理和监督交通运输厅系统国有资产；承担交通运输建设项目地方政府债券融资、吸引社会资本等有关财务工作；指导交通运输系统财务会计工作。

十、审计处

指导交通运输行业内部审计；负责对交通运输建设项目财务收支、竣工决算和专项资金运作进行审计；负责对交通运输厅厅属单位国有资产、财政财务收支、预算执行及绩效进行审计；负责厅管干部任期经济责任审计工作；负责对社会审计机构在交通运输厅系统从事审计业务的管理。

十一、基层党建处

负责交通运输厅系统党建政策研究和党内法规宣传工作；指导交通运输厅厅属单位基层党组织建设和党员队伍的政治、思想、作风建设工作；指导交通运输厅系统党员干部教育培训和交通运输行业职业教育；指导交通运输厅系统意识形态工作；统筹交通运输厅系统统战、共青团、社团工作。

十二、科技信息处

拟订交通运输行业科技、信息化发展政策和规划并监督实施；指导交通运输行业网络安全工作；负责交通运输科技项目管理、重大交通科技信息项目的组织实施及其成果鉴定、推广应用工作；拟订交通运输行业有关标准、质量和计量等技术政策；指导交通运输行业环境保护、节能减排等工作；承担交通运输行业标准化协调工作。

十三、人事处

负责交通运输厅系统领导班子和干部队伍建设工作，承担交通运输厅系统干部管理、干部监督和机构编制工作；指导交通运输行业人才队伍建设工作；管理交通运输厅系统人事劳动等工作；负责交通运输厅系统专业技术职务评聘、交通运输行业从业人员职业资格评价、 职业技能鉴定工作。

十四、机关党委

负责机关和直属单位的党群、纪检监察工作。

十五、离退休干部工作处

负责机关的离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。

十六、交通工会

负责交通运输系统工会工作；承办厅领导交办的其他工作。

新疆维吾尔自治区交通建设管理局

新疆维吾尔自治区公路管理局

新疆维吾尔自治区道路运输管理局

新疆维吾尔自治区交通运输综合行政执法局

新疆交通科学研究院

新疆维吾尔自治区交通规划勘察设计研究院

新疆交通职业技术学院

2017年11月，新疆维吾尔自治区交通运输厅获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。

2020年12月15日，被确定为“2019-2020年节约型公共机构示范单位”。