民国20年（1931年）10月14日，国民政府反覆斟酌物色，终于正式任命梅贻琦为清华大学校长，梅校长获得清华师生的充分支持，也开启了清华大学的黄金时代。

民国21年（1932年），增办工学院。

民国26年（1937年），因抗战爆发，清华大学与北京大学、南开大学在长沙合组“国立长沙临时大学”，任命蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓三校长为临大校务委员会常务委员，共理校务。

民国27年（1938年），迁往昆明，改名“国立西南联合大学”，简称“西南联大”。

民国35年（1946年），西南联大结束，三校分别复员，特在昆明立碑以纪念三校在抗战八年中的艰苦合作；同年秋，清华大学复员北平，并增设农学院。

民国36年（1947年），国共内战爆发，梅校长一直续任至1948年12月，迫于时局搭机南迁，辗转赴美执掌清华基金相关事宜。

1955年，梅校长奉召抵台，筹备设置台湾清华大学研究院事宜，择订于新竹建校。由于台湾同美国签订了所谓“中美合作研究原子能和平用途协定”，考虑到建立原子炉所需的沉重经费，遂让有清华基金为后盾的清华大学在台建校，成为台湾原子科学研究的先驱。同年12月，台湾地区行政管理机构组成“清华大学研究院筹备委员会”。

1956年1月1日，台湾清华大学于台北成立筹备处，聘陈可忠为主任，正式展开筹备工作，迈出台湾清华大学在台建校的第一步。台湾清华原先计划在台北南港和新竹两地间择一建校。但南港腹地较小，且当时新竹县长朱盛泣积极争取，因此台湾清华决定在新竹赤土崎建校。起初由台湾中国石油公司提拨约40公顷（42甲）原属日本海军燃料厂的土地，但在原子炉开工后，校地已感不足，便由新竹县长朱盛泣同意再拨约33公顷（34甲）土地，加上台湾清华自身向周边民家收购者，此时校地共约78公顷。同年7月，原子科学研究所成立，招考第一届研究生。

1956年，学校开始招生，因校舍尚未完工，故暂于台湾大学上课，至此台湾清华大学校务在台正式运行。

1957年，台湾清华大学的办公大楼、教职员宿舍、学生宿舍相继完工，学生从台北返回新竹上课。

1962年5月19日，梅校长病逝于台大医院后，台湾清华校务暂由陈可忠教务长代理。夏，学校鉴于数学之重要与日俱增，岛内大专学校数学师资至为缺乏，为培植数学研究人材，充实大专数学师资，并加强原子科学研究之数学课程，增设数学研究所。1963年春，数学研究所招考第一届研究生。

1964年8月，恢复大学部。

1965年，学校设置数学、核工、物理、化学系所，台湾清华的教学组织有了长足发展。

1967年，设立物理研究所博士班。

1968年，原子科学研究所化学组，亦以成立物理研究所同样情形成立化学研究所，招收第一届研究生。同年台湾清华图书馆（红楼）启用，随后体育馆、大礼堂与新校门等相继落成。

1969年，原子科学研究所核工组改设为原子核工程研究所。

1972年，增设应用化学研究所、应用物理研究所、应用数学研究所、材料科学工程学系、工业化学研究所、工业化学系、动力机械工程学系。

1974年，增设分子生物研究所、工业工程学系及化学研究所博士班，均开始招生，并将原有所系分设三学院，即理学院、工学院及原子科学院。新竹清华已从早期仅有原子科学所的规模，扩展成为理工大学。同年6月徐校长任台湾科学委员会主任委员，兼任校长至1975年由张明哲校长继任。

1976年，增设电机电力工程系，电子计算机中心成立。

1977年，增设电机电力工程研究所（于六十八学年度起更名电机工程研究所，电机工程学系），计算机管理决策研究所及辐射生物研究所。

1978年，增设高分子研究所。

1979年，工业化学研究所增设博士班，均于当年招生。

1980年，增设工业工程研究所，大学部增设中国语文学系；工业化学研究所、工业化学系更名为化学工程研究所、化学工程学系。新竹清华从此由理工大学迈向综合大学之路。

1981年，增设动力机械工程、材料科学工程、原子核工程研究所博士班。核子工程学系自七十年度开始招生。8月，张校长调科学委员会主任委员，本校校长由毛高文先生继任；10月，研究发展委员会成立。

1981年，学校首创长期发展委员会并制订五年发展计划，展开有系统的校园规划。隔年为鼓励教学与学术研究，设立杰出教学奖与杰出研究奖。

1982年，数学所增设博士班，大学部增设外国语文学系。

1983年3月，开始规划行政业务电脑化作业系统；8月，物理研究所、应用物理研究所合并为物理研究所；化学研究所、应用化学研究合并为化学研究所；计算机管理决策研究所、电机工程研究所增设博士班；为配合推动防务科技发展之基本需要，与台湾中山科学院合作成立自强科学研究中心；9月，开始设置辅系；年底，为推动跨院所系的教学与研究，成立校内各研究中心，次年又相继成立原子科学技术发展中心及科仪中心。

1984年，增设人文社会学院、经济学系、分子生物研究所博士班；化学工程研究所与高分子研究所合并为化学工程研究所；与工业技术研究院合作成立材料科学中心。

1985年5月，视听中心成立；8月，增设历史研究所硕士班及工业工程研究所博士班，分子生物研究所更名为生命科学研究所，原子核工程研究所更名为核子工程研究所。

1986年8月，应用数学研究所增设博士班，原子科学研究所取消保健物理与放射化学分组以及增设语言学研究所硕士班，动机、电机两系成立双班；9月，开始实施双学位制。

1987年8月，刘兆玄继任学校校长，同时增设社会人类学研究所硕士班及原子科学研究所博士班。

1988年，成立艺术中心；8月，增设统计学研究所、经济学研究所硕士班，同时计算机管理决策研究所更名为资讯科学研究所。

1989年，将共同科目改为通识教育中心，树立台湾通识教育之典范，是为台湾高等教育发展的创举；8月，增设文学研究所硕士班、统计学研究所博士班及辐射生物研究所博士班。

1991年，新竹市政府徵收十八尖山南面约15.6公顷土地为学校用地，并在次年以16亿馀元购置为新校地，亦即仙宫校地。

1992年7月，学校增设生命科学院。

1994年，台当局教育主管部门修正通过的“大学法”中，正式规定大学校长由遴选产生，同年沈君山校长当选清华第一任遴选校长。

1995年，学校成立跨领域共通课程的学院级组织─共同教育委员会，将通识中心、体育室、军训室、艺术中心等纳入其中（2015年更名为台湾清华学院）。

1998年，成立电机资讯学院。2000年成立科技管理学院，至此清华八大学院之主要规模遂告完成。

2000年，台湾积体电路制造股份有限公司挹注新台币1亿5千万元，予台湾清华大学兴建“台积馆”；2001年旺宏电子股份有限公司捐赠新台币3亿元，予台湾清华大学兴建“学习资源中心-旺宏馆”，继而2008年台达电子工业股份有限公司捐赠新台币2亿2千万元，予台湾清华兴建教学大楼“台达馆”。

2006年，台湾清华获台当局教育主管部门“迈向顶尖大学计划”新台币10亿元补助，其后并成为补助款增长幅度最大的学校。先后执掌校印的陈文村及陈力俊校长，遂以此笔经费之挹注，启动清华迈向卓越的新纪元。2006年为缩小城乡差距，率先招收偏远地区学生的“繁星计画”。

2008年，首创台湾清华住宿学院，培育学生创新思维、互助合作的能力。

2010年，完成学生成绩改为等级制，同年11月，完成贯穿南北校园管线系统的共同管道。李伟德校友个人捐赠新台币1亿5千万元，协助兴建“绿色低碳能源教学研究大楼”。

2011年4月24日，学校庆祝创校100周年暨在台建校55周年大会隆重举行。台湾当局领导人马英九出席大会并致辞。台湾行政管理机构负责人吴敦义、立法机构负责人王金平等各界人士参加了校庆大会。

2013年，获颁台湾行政管理机构省品质奖，为台湾岛内大学首次获奖者。

2014年，作家王默人先生捐赠350万美元，以孳息设立“王默人周安仪文学讲座”，为台湾清华获赠来自人文领域的最大笔捐款。11月，集结企业及校友赞助所成台湾清华永续基金（2013年10月成立）启动投资计画，为学校首次运用捐款投资股市，以所得孳息挹注校务所需。

2016年10月15日，台湾清华大学与新竹教育大学的合并案获台当局行政管理机构及教育主管部门审核同意，11月1日台湾清华大学与新竹教育大学正式合并，原竹大附小也更名为台湾清华大学附小。

《清华学报》最早发行于1924年，内容包括自然科学及人文学科领域，后转型为纯汉学期刊，以刊登文史哲论文为主。作者早期有胡适、杨联陞、萧公权、吴大猷、赵元任、傅汉思、蒋硕杰、唐君毅、钱穆、梅祖麟…等，晚近亦有王士元、郑锦全、李方桂、李壬癸、李亦园、萧启庆、黄一农、龚煌城、王德威、孙康宜等海内外重量级学者。学报发行曾因战乱因素中断，1955年清大在台湾复校后，旋即在1956年6月由台湾清华学报社重新发行新1卷1期，成为由校友所支持发行之刊物。当时社址设在台北市中华路，美国集稿处在康州的 New Haven。其时每期售价为新台币80元，美金2元。自1987年起转由台湾清华大学人文社会学院负责编辑及发行，2002年起再转至台湾清华大学出版社。台湾清华学报为一国际性期刊，内容刊载有关中国人文学及社会科学之纯学术性论文，且有严谨的评审制度，因此屡获台当局教育主管部门、台科会之奖励、补助。

根据台湾清华大学官网显示2017年7月，台湾清华大学共设有理、工、原子科学、人文社会、生命科学、电机资讯及科技管理10个学院。

截至2016年10月，学校现有专任教师830人，兼任教师571人，职技人员782人。

根据2016年QS世界大学学科排名，台湾清华大学共有13个学科挤进全球前200名。其中，电机学科排名全球第40，机械、化工、材料、资讯、化学、统计与作业研究、语言学排名介于51至100，现代语言、生物科学、数学、物理与天文排名介于101至150，商管排名介于151至200。根据2018年QS世界大学学科排名，法学（科法所）介于151至200间。

培养模式：台当局教育主管部门推动顶尖大学计划，台湾清华每位学生平均获得全台湾各大学学生中最高额补助。台湾清华过去已有许多教育规画，如多元、跨领域学程，通识课程设计，大一不分系双专长计画、繁星计画、国际志工、国际交流学习等计画。在长年思考改进大学部教育，并参考世界著名学府措施后，大学部教育改进工作小组针对教育目标以及校园生活、共同必修课、通识教育作全面性检讨，已提出整体性改进方案。

国际化培养：学校配合校园国际化之目标，积极推动国际学程，外籍学生招生、国际学生交换及就学辅导，截至2015年底，国际学生由125增至157人，增长25% ，达全校人数15%，英语授课数增长15%。并成立国际事务中心，统合国际化相关事务。建置国际学生活动中心，提供国际学生活动及华语文上课之场所，加强对国际学生之服务。

1995年12月，沈君山校长率团访问北京清华大学，签定“海峡两岸清华大学交流合作备忘录”。2001年2月，更加强推动两岸学术合作，除与北京清华签订多项合作合约外，也与北大、复旦、苏州、兰州大学合办“莙政学者”交换学生计划。在台湾也与台湾交通大学、台湾中央大学及阳明大学于2002年试办共组“台湾联合大学系统”，并于2008年1月奉台当局教育主管部门核定正式成立，结合四校之教学研究资源，发挥互补性。

2019年加入全球产学未来人才培养策略联盟 (UAiTED)，该联盟旨在强化产学合作以实践知识及技术转移，促进永续社会发展为目标的创新方案，让社会各行各业与大学紧密合作，共同培育全球产学未来人才。创始学校包括台湾清华大学与台湾交通大学、台湾师范大学、成功大学、台湾科技大学、新加坡国立大学、南洋理工大学、香港城市大学、香港科技大学、马来亚大学、马来西亚国立大学、马来西亚理科大学等16所星马港台的顶尖大学。

台湾清华大学校训：自强不息，厚德载物。源于周易乾坤二卦，卦辞是“天行健，君子以自强不息；地势坤，君子以厚德载物”。缘民国三年冬，梁启超先生来校演讲，讲题为《君子》，即以此辞为中心内容，激励清华学子发愤图强，并把此二卦辞作了如下的诠解：

乾象言：君子自励犹天之运行不息，不得有一暴十寒之弊，且学者立志尤须坚忍强毅，虽遇颠沛流离，不屈不挠；若或见利而进，知难而退，非大有为者之事，何足取焉。人之生子世犹舟之航海，顺风逆风，因时而异。如必顺风而后帆，登岸无日矣。

坤象言：君子接物度量，宽厚犹大地之博，无所不载。君子责己甚厚，责人甚轻。孔子曰：躬自厚而薄责于人盖惟有容人之量，处世接物，坦然无所芥蒂，望之俨然，此所以为厚也，此所以为君子也。

接着，梁先生又引申勉励清华学生说，“清华学子，荟中西收新文明，改良我社会，促进我政治，所谓君子人者，非清华学草，今日之清华学子，将来即为社会之之鸿儒，集四方俊秀，为师为友，相磋相磨，他年遨游海外，吸表率，语、默、作、止，皆为国民所仿效，设或不慎坏习，惯之传行，急如暴雨，则大事偾矣。深愿及此时机，崇德修学，勉为真君子，异日出膺大任，足以挽既倒之狂澜，作中流之砥柱，则民国幸甚矣！”这次演讲以后，学校即以此八字为校训，作图制徽，永久流传。

校旗与校色，在英文本为一辞（Color），意即以一定颜色制定的，代表学校的旗帜，绶带，徽章等。

大陆易手前清华一直以紫，白二色作为自己的（Color），是否经过学校正式决议，尚未查知，但在最早的英文校歌上（1916年以前）即已有了这样的句子：O Tsing Hua, fair Tsing Hua, college bright, May we be loyal to the purple and the white。当时的中文译文是：噫清华，嘻清华，吾校岿巍，美哉吾校旗，愿日增汝之光辉。

早在民国6年（1917）年以前，学校曾把白色的“自强不息”校徽，印制在紫色的质地上作为校旗，在各种庆典上悬挂，而在一般场合，特别是印刷品上，则恒以长三角形紫白二色参半，印以中英文校名的旗帜为多用。早年，校友们都把忠诚于自己校旗作为自己神圣的职责，并讴歌赞颂。

新竹清华的校旗，用了传统的紫白二色，紫色为底，中间为英文字母TH所组成的图案，中间有一“清”字，像个展翅的鸟，上有“清华大学”字样。

校歌由来：清华建校之初，即制定了自己的校歌。第一首校歌词皆由外籍女教师Miss Kathorine E. Seelye所作，词为英文，题名“Tsing Hua College Song”但词谱均不出色，兹举其第一段的中文译词如下：

同学少年肝胆相亲，荟萃一堂豪爽；我歌于斯汝其和予，斯校一时无雨。广播令闻，舣立荣名，群雄莫与争衡，谓予不信，请君来临，会当赞和同声。同声，同声，会当赞和同声。

往昔关于清华的校花流传有几种说法，但似乎都未正式定案。早期有紫荆、丁香之说，新竹清华则普遍认为梅花可代表清华精神。关于紫荆与丁香，据杨觉民教授所述，在来台建校前一般即“习惯把紫荆和丁香视为清华的校花，但未见诸典籍，可能只是一种约定俗成”。其由来推测有二：一是紫荆与丁香花色，与清华校旗、校色用色（紫白二色）相符；二是清华校园内种植许多紫荆及丁香，两者皆在春季盛开，正是清大校庆前后。1984年大陆出版的《清华校友通讯》复9期中，34级陶瀛孙校友就曾为文建议，其中提到：“春天的清华园是极美的，到处是花，而以紫荆、丁香开得最盛。所以早就有人建议以紫荆或丁香为校花。1931年春，校庆即将到来，夏坚白学长建议以丁香为校花，丁香花紫白二色、盛开季节正是校庆、丁香花一簇簇群放，正象徵清华莘莘学子亲密相处，共发芬芳”，因此早在30年代就有以紫荆或丁香为校花的提议。

在中国古代，紫荆象征著和睦、团结之意，典出东汉田氏三兄弟分家，院中紫荆遂落花枯萎的故事。西晋陆机曾说：“三荆欢同株，四鸟悲异林。”唐代诗人李白叹道：“田氏仓促骨肉分，青天白日摧紫荆。”皆是在指此事。最后三兄弟因紫荆凋萎之兆幡然悔悟，决定和睦共处，紫荆花才又恢复繁荣景象。现今清交两校的梅竹赛，清华也多以紫荆为主题设计衣物，正彰显著紫荆所代表的团结精神。

北京清华校园内的紫荆属豆科紫荆属，花朵于春季四、五月先于叶开放，簇生于枝上，西方又称之为“红穗树”。而新竹清华校园中所见的洋紫荆、羊蹄甲，以及两者自然杂交而生的豔紫荆皆属苏木科羊蹄甲属，与北京清华的紫荆品种相异，花形也不同。

至于丁香花，属木犀科，落叶灌木或小乔木。春季开花，花期为四到六月。花为紫白二色，有所谓“紫丁香”与“白丁香”。花朵四瓣二蕊，集合成簇。由于花性怕热，无法适应新竹气候，在台湾亦只有高山地区能存活。

抗日名将孙立人将军为1923级校友，曾于住所发现一种灌木树丛，名为“番茉莉”，别称为“变色茉莉”。春天开花，开时呈蓝紫色，之后逐渐转为白色，在同一株上可呈现紫白二色花朵。孙校友欲献给母校作为礼物，在1989年亲自到校栽种以祝校庆，植于行政大楼后方“清华校门”两侧。有人觉得亦可以表校花。

新竹清华还有另一种代表花─梅花。2011年经“99学年度第4次校务会议”决议，新竹清华以梅花为校花。梅花成为清华的精神象徵，缘起于纪念两岸清华共同的大家长：梅贻琦校长。从北京清华、西南联大到新竹清华建校，梅贻琦校长半生皆与清华相系，奉献甚钜，1962年梅校长病逝，本校便于校内兴建“梅园”为其墓园以兹纪念，内植梅花241株。每至一二月梅花盛开之际，园内游客络绎不绝，成为新竹清华著名校景。梅花不畏严寒与冰清玉洁的精神，使其成为清华精神的象徵。清华学子更于每年的梅竹赛前夕，固定在梅园举办祭梅仪式，以祈求比赛旗开得胜。

“梅”成为清华的精神标志，也与梅竹赛的推波助澜有关。1969年，清交两校举办跨校锦标赛，当时以清大前校长梅贻琦之“梅”为标志，和交大前校长凌竹铭之“竹”相呼应，举办“梅竹赛”。自此，“梅”便成为清华重要的象徵图腾，广泛运用于清华纪念品、衣物的设计上，例如毕业纪念册，尤其是2003年以后，频频以“梅”的意象，作为封面构图和主标的灵感来源。

校呼：“嘶....砰，叭，清华，清华，清华。”这是清华大学运动场上啦啦队的呼声，也是校呼。

清华大学的圆形校徽由来甚早，雏型源于1916年，清华学堂为兵操训练营制作的军旗中央图案，1916年12月28日《清华周刊》中刊载：“兵操军旗式现已绘定。旗系紫色，中间置白色圆圈，内有‘自强不息，厚德载物’八个字。圈下绘枪两支，亦系白色。光彩夺目，颇壮观瞻。”此圆形图案于1917-1919年间清华著名刊物：《清华年刊》、《清华周刊》多次引用于封面，其后并嵌于大礼堂正中央墙面上。

1926年11月25日，校评议会议决：“通过校徽之格式：圆形、斜十字”1，1928年改制为清华大学后，似有意重新徵求校徽的设计，是故有段时间并无正式的校徽。1934年6月1日《清华周刊》（第13-14期）向导专号刊登了清华大学校徽图案，其基本形制沿用至今，最中心为五角星，内圈为校训“自强不息，厚德载物”，外层则为校名中英文字样。 新竹清华的圆形校徽，除上述基本结构外，也保留了清华学校时期，校徽最外层的光芒状图案等细节。近来在公关宣传等文宣设计上，常搭配鸟形校徽做图形变化，但作为正式的校徽标志时，二者仍分开使用。

新竹清华的校旗，用了传统的紫白二色，紫色为底，中间为英文字母 TH 所组成的图案，中间有一“清”字，像个展翅的鸟，上有“国立清华大学”字样。校旗与校色，在英文本为一辞（Color），意即以一定颜色制定的，代表学校的旗帜，绶带，徽章等。

梅竹赛，是位于新竹的两所大学——台湾清华大学与台湾交通大学于每年三月间所举办的校际比赛。1969年正式举办，在清交两校的学生活动上，占有极重要的份量。梅竹赛的缘起，当回溯至1961年代；台湾清华与台湾交大在台复校后，因两校校地位置相邻，且学生人数相近，而学生之背景与就读的科系性质亦相似，所以两校同学彼此之间在生活、课业与活动的往来就相当的频繁，因而不断的有联谊活动。

1966年，两校之间曾举办过技艺对抗赛。到了1968年，时任活动中心干事的钱锋学长终于获得课外活动组主任戈武先生及学校的允诺，开始筹备一个由台湾清华及台湾交大学生参与的大型竞技活动，以不让英国牛津、剑桥大学之间的划船比赛专美于前。负责筹备的学长夜赴清华，与清华学长相谈甚欢，双方皆认为此项比赛对促进两校同学间情感交流、生活调剂、学艺及体育发展....等等，皆有脾益，因此达成共识，决定举办这项比赛。最后清华张致一教授从口袋拿出了一元硬币道：“出现梅花则称梅竹，出现一圆那面则称竹梅。”铜板落定，梅竹之名从此便正式确定。

该校区位于台湾新竹市光复路二段101号，建设有清华大道、学思路、行胜路、西院路、自强路、梅园路等多条特色道路。道路周围建有行政大楼、学习资源中心旺宏馆、教育馆、工程三馆、材料科技馆、室内外网球场等建筑设施。

该校区位于台湾新竹市南大路521号。设有崇善楼、鸣凤楼、树德楼、综合教育大楼、国立清华大学图书馆南大校区图书馆、活力健康运动会馆等建筑设施。

2010年，时任学校校长的陈立俊核报经费支持蝴蝶园的建设。2013年，学校总务处在“清华蝴蝶园”门口设立牌，蝴蝶园正式成立。成蝶最多的月份是5月至10月，成蝶最少的月份是1月至2月。

中国台湾原生种的青蛙有36种，其中14种是台湾特有种。 为保育面临生存危机的台湾原生蛙，学校设立了中国大学第一所蛙房，成为了保育台湾原生蛙的中继站，蛙房的目标是孕育出蝌蚪以回归自然。

蕨类植物的现存种类被普遍认为超过12,000种，其中在台湾，有超过820种的蕨类植物得以生存。这一数据意味着，大约6%的全球现存蕨类物种在台湾这片岛屿上找到了它们的栖息地。