云林县草岭地区位于极不稳定的地层，历史上曾经多次因为重大山崩而拦截浊水溪支流清水溪溪水形成堰塞湖，但先后均因天然坝体的溃决而消失。1999年9月21日凌晨时分的集集大地震，草岭再度发生大规模山崩，约一亿二千万立方米的土石堆积于清水溪谷中，形成高约50米的天然土坝，草岭也再次因山崩物质阻塞清水溪河道而形成新草岭潭。新草岭潭形成之后数日，台湾省政府水利处航测蓄水量可达一至二亿立方米，相当于石门水库的蓄水量，一度成为台湾最大的天然湖泊。而1999年11月测量结果显示，当时新草岭潭的水位高约为海拔540米，所形成的回水向上游延伸约5公里，满水位时最深水位58米，累积蓄水量约四千六百万立方米。