普通上海人在博客上记载，方岳贡所筑石塘为大德塘，西起杨公庙，东至奉贤区漴阙，全长4.19公里。当地老百姓为感谢方岳贡修建石塘，专门建造了“报功祠”，一直到今天，还有村民祭拜方岳贡。

工程完成以后，有人挟私嫌诬告方岳贡贪污银子三千两，使他被捕入狱，许多老百姓拥至官府为他辩冤，最后朝廷查明确无此事，又恢复官职。

入狱一事，非但没有辱没方岳贡的名节，反而提高了他的声誉，当时的给事中方士亮，向崇祯帝推荐了方岳贡以后，方随即被提拔为山东副使兼右参议，负责江南的粮食储运。他督办漕运船只，如期抵达通州，给崇祯帝留下了深刻印象。

吏部尚书郑三俊推举全国五个廉能监司，方岳贡名列其中，这又一次引起崇祯帝的重视，他召见方岳贡，问：“为政何先？”方岳贡答对如流：“欲天下治平，在择守令；察守令贤否，在监司；察监司贤否，在巡方；察巡方贤否，在总宪。总宪得人，御史安敢以身试法？”崇祯非常赞成方岳贡的看法，大喜之下，赐玉宴于方岳贡，并一直吃到日落时分。六天以后，“即超擢左副都御史”。

新任官吏必须觐见皇上，这有点类似于今天的组织谈话，左副都御史方岳贡去见崇祯时，皇上正拿话诘问吏部尚书李遇知，这人挨了皇上的训，大气不敢出，只说：“臣正纠驳。”方岳贡插言道：“何不即题参？”这话又一次迎合了崇祯，仅仅隔了一天，即“命以本官兼东阁大学士”，时崇祯十六年（1643年）十一月。方岳贡开创了明代“阁臣带御史衔”的先河，由此也可以看出崇祯帝用人心切，振国家于危难的急切心理。

崇祯十七年（1644年）二月，方岳贡提拔为正一品官吏，任户、兵二部尚书兼文渊阁大学士，总督漕运、屯田、练兵诸务。方岳贡是崇祯帝非常赏识的为数不多的几个人才之一，但是，他到朝廷任职时，已经是狼烟四起了。虽有救国之志，却无救国之力。李自成、张献忠攻陷京城时，方岳贡负户、兵二部尚书兼文渊阁大学士仅仅一月有余，他还没来得及实现自己的理想抱负，就已经身陷囵圄。据考，是因为方岳贡拒绝为李自成等写“诏书”，才引起刘宗敏的恼恨，最终令其自缢而死。

作为一个读书人，方岳贡没有把主要精力放在治学修书上，而是“经世治国平天下”，以其正直为人，清廉为政的品行，实在是一件幸事。但方岳贡的博学多识仍然给后世以很大的教益。

方岳贡著有《国纬集》61卷，《经世文篇》等著作。在《国纬集》中，他评价贾谊的《过秦论》说：“此文迁回层折，以盛衰之势相形，干宝《晋论》大概规仿此。”

作为同朝官吏，方岳贡与徐光启交往颇深。徐的《农政全书》成书之时，方岳贡欣然为其作序：“嗟乎，治乱无象，农之获安于农与否，是即其象。彼罹虏罹寇者，以死之转徙失先畴而不获安。幸而免死，又以剿饷练饷，急罹虏罹寇者之患，而岌岌乎不获安。爱养之无者，其所以安之哉！”方岳贡所言，都是当时农村的实际情况，而且是站在农民的角度说话，这在官书的序言中，是很少见的。

崇祯三年（1630年）成书的《松江府志》，是由方岳贡主持修编的，按说，作为地方的长官，他应该极力唱颂上海的地理优势，宣扬自己的为政之绩，但是，他并没有这样，而是说松江一府：“粟米、布缕、鱼盐之利，貌称东南陆海，然糊口则盈，终事则绌。”一反地方志溢美乡土的格调。

张献忠占据谷城时，听说居民方岳宗是松江知府方岳贡的弟弟，以为他沾哥哥的光，家境肯定殷实，就占下方岳宗的房子安置家眷，借故把他拘禁起来，要他出钱助饷。但是，张献忠到方岳宗家里一看，确实为一介平民，顿生敬意，并赶快把他释放。后来，张献忠与方岳宗成了“不拘形迹”的朋友。为了表示对方岳贡的敬仰，张献忠修书一封，让方岳宗的家人把信送到松江，他在信里面坦率地说：“使为官者人人皆如我公，百姓不受脧削之苦，献忠何能起事？”并且说他知道方岳贡不会回信，他也不希望得到回信

岳贡本吏材。及为相，务勾检簿书，请核赦前旧赋，意主搜括，声名甚损。十七年二月命以户、兵二部尚书兼文渊阁大学士总督漕运、屯田、练兵诸务，驻济宁。 已而不行。

李自成陷京师，岳贡及邱瑜被执，幽刘宗敏所。贼索银，岳贡素廉，贫无以应，拷掠备至。搜其邸，无所有，松江贾人为代输千金。四月朔日与瑜并释。十二日，贼既杀陈演等，令监守者并杀二人，监守者奉以缳，二人并缢死。