1541年，方廉考中南榜进士，选任南康推官。南康位于粤、湘、赣三省交界之处，是一穷乡僻壤之县，方廉不以为陋，兢兢业业地处理大小案件。其后，上司将邻近几县的积案、疑案统交其办理，方廉无不尽心尽力。不久，吏部以“卓异”召，有属吏告诉他：只要花一笔银子，就可选个给事御史。他婉言谢绝，于是吏部给了个礼部祠祭主事，后又调任主客员外、精膳郎中，都是些清闲小职。然而，他却茹淡自甘，勤于职守。

嘉靖帝沉湎于修道，多年不理朝政，朝仪因而疏废。方廉乃重订朝仪，行文各部。有同僚不以为然，质疑说：“皇上久不坐朝，草此何用？”方廉反洁曰：“一旦临朝将何以处？”果然，是年秋，倭寇骚扰东南，嘉靖不得不坐朝议事，仓猝间，文武百官不知该怎样列班如仪，幸赖方廉草拟的章程才免于狼狈。于是引起礼部尚书徐阶对他的注意，便上疏表荐方廉为松江知府，以保桑梓安宁。

是时，松江兵力单薄，方廉莅任，乃增崇城垣，浚深护城河，并在城外筑置“敌台”驻宿甲兵以成犄角。寇势盛则据城抗击，懈怠时则突出袭杀，常有斩获。近郊乌林有寇之巢穴，屯聚粮草兵器，廉乘倭寇出掠时，引兵放火焚之，使寇无以依托。属镇上海无城，而独多富民，为寇唾涎之处。廉亲往大姓家劝募，说：“如一旦寇入，则身家均不保，况乎财物？”于是人人感悟，争相输纳。廉日夜巡行版筑间，城数月告成。适值寇蜂拥而至，踯躅城下不得进。继而食尽，乃拥众而遁。这就是最早的上海城，至今尚留有几十米古迹。

嘉靖三十九年（1560年）方廉迁任右佥都御史，提督军务，巡抚应天都郡，兼理粮储。连年寇乱，田园荒荒，饿殍遍地。方廉乃悉心调治，汰兵裁饷，垦荒治水，减赋赈饥。为此上下称颂。旋即擢升右副都御史巡抚湖广，由于质性疏直而开罪藩王，招致获谴解职。

1566年，新主隆庆登位，许多官员为方廉鸣冤，再度起用为大理寺卿，寻迁都察院左副都御史，总督漕运，兼抚淮扬诸郡。这是他所任的最高职务，“都堂”之称即由此而来。

方廉罢职在家休闲之时，有机会接触民间，深知赋税不均之弊，乃乘复出之际，上疏量田实赋，获准于家乡新登试行，百姓称便。

隆庆三年（1569），方廉调任南廷工部右侍郎，深知宦海风波难测，既不愿勾党营结，亦忧于孤掌难鸣，便于次年告老还乡。

致仕后，方廉志闲山水，造福桑梓，其可足道者有三：

其一是修纂县志：明代曾三修县志，大都繁简不当。万历三年（1575），在邑令温朝祚主持下，礼聘方廉主纂，次年杀青，现“北大”和“浙图”均有藏本，是现代能见到的最老县志。

其二是整顿学宫：新登学宫原附没于多福院，简陋仄狭，方廉上书邑侯，于整修城北黄山下文庙时，将学宫迁于其明伦堂前，即今新登中学综合楼前处。方廉不仅带头捐资，并劝谕邑富乐输。

其三是修建桥梁：新邑二水环绕，北、东、南三面孔道俱为水阻。行人病涉，交通闭塞。方廉乃带头捐输并主修了岁寒（松溪）、方家（庄泽）、南津（青云）等桥，邑人一时称便。

寿域自叙

天地之道，曰阴与阳。人之道，曰生与死。知阴阳不相离于生死奚二耶。故圣人作宫室以居之，坟墓以藏之，其理一也。

大宗伯云间人也，以是心异公，遂言之吏部，荐公出守云间。公至，则按行睥睨，增崇浚深。郭外皆置敌台，宿甲士以相犄角。寇数万人猝至围城，公调兵食悬中不爽。时时缓带缙绅家雅语以示暇，曰：“吾在，无恐也。”而所宿甲间出有所俘斩，寇食尽散去。

属邑上海故无城，中寇者再矣。公请于大帅筑之，帑不继，则躬至大姓家劝募，曰：“贼阑入，若身与家非若有，而况室中物？”以是，人人感悟，委输若流水。公早暮行版筑间，与吏民分工力。朝告成，而寇夕集城下，踯躅不得止。公严旌戟而耀之，遂遁。乃博访民间疾苦，奏计两台，请宽岁赋，停不切需。皆如指。

始，郡牍不胜繁，一切为吏弊窟。自公至，无所容，净若刷洗。公虽不好赫赫声，而报绩为诸郡冠，有白金文绮之赐。迁江西按察副使，饬九江兵备。

时，倭警尚未已，游骑遍江上下，而县官有建章役，取材楚蜀间，皆道公理所。公以身为御圉，不惮跋履，复报绩冠。晋左广参政，训卒，调饷，抚剿。三吴盗如承蜩，而大宗伯时在政府，思公云间功，遂以廷推，擢右佥都御史，提督军务，巡抚应天都郡，兼理粮储。大军之后，凶年嗣之，民不胜殍。公恳疏以请，得减赋百余万，而吾吴及云间得十之八。时，稍议汰兵及饷，公先其非要者，复请革常镇兵备，仍归之苏，而专设大臣治水，皆凿凿可久。寻晋右副都御史，巡抚湖广。

公素秉介，不通遗人苞苴。其最后迫故事，稍一通，然而不能当恒时百一。而言路欲借公自标树，白发其事。公解节归，中外冤之。

隆庆改元，言者交荐，公起为南京大理寺卿。甫上，迁都察院左副都御史，总督漕运，兼督抚淮扬诸郡。公至，首画漕计，列上之，得报可。以是，岁纲如期毋后者。已，次第有所损益。徐州吕梁二洪，岁取之徐。公谓：“馀黎几何，而使编累？”乃省漕司米，听司洪者易价而募之。又谓：徐之商税，以备河费。旧有屯兵坐食如皋，公亦革之，所减省先后以万计。贵人守皇陵者，旧得预民事，公持不可，乃已。

寻转南京工部右侍郎，会元配罗淑人以病卒，公哭之伤，亦病。凡三疏，乞骸骨归，乃得请。

公归，病良已，始为政于其家及乡。公洁廉无羡，奉已以俭，乃立家庙、葺先茔，置祭田以岁享。联族之大小而诲以德让。邑多匿田，复乘间飞赋，公疏于朝而清理之。岁大祲，谋诸令，发仓粟以赈贫者，而又虑其负荷，出私粟作糜哺之，民不饥死。松葛二溪受浸广，堤梁数圮，公倡里人厚其堤，又为石桥数十丈，道涉者名之曰：“青云桥”。乡前哲许公远祠久且毁，捐橐而新之。创宗谱复创邑志，读者谓其良史才也。

二弟：邑丞炬，典仪秋，相与侍左右，怡怡如也。其子姓训诲身先之，不责而循。公秉三不惑，老益强胜。既七十，大为酒食，以飨贺者。甚欢，至别曰：“不复再矣！ ”

秋且尽，感微疴，盥栉如恒时，忽谓子城取历来择，以十九日吉。至日，已香屑摩体肤且遍，乃就枕。城怪问之，曰：“毋多言，使我神挠。”已，恬然若寐者，遂卒。

公既丧罗淑人，不复娶。晏寝一室，左图右书而已，以是终其身。有子男二：长即城，以公荫为太学生，娶凌氏；次应耆，聘钟氏。女四：长适太学生钟应星，次适南京右军都督府都事俞希范，三适庠生徐正蒙，四适举人周吉士。台使者以公讣闻，上赐葬如例。于是城等将以甲申之三月初五日葬公于天柱山之麓赐茔，而属志铭于世贞，曰：“公与先公通家子也，而又比舍为郎，必不忍泯泯于先公。”其状，则致自周子公瑕。公瑕，故人也，而不能悉公左广事。第云：尝侍食于公，有投牒者，公色动，置箸而叹。问之，则曰：“有越之君子六千人北戌而过淮，奈此民舸何？”既三日，复问公，则曰：“渡淮尽矣。轻舠之，候浅者千皆在浒，舠以六人载不乏也。脯糗薪菜官给之，毋敢哗者。”某出而迹淮人，人不知有南卒也，叹以公为神云。呜呼，此岂可尽公哉！

世贞又闻之：公将去云间，云间人不能舍，则相率而为祠以祀公。吾吴之祀任公者，请于朝得赐额，盖二地春秋血食至今不绝，即微城请，吾安能不为公志铭。

铭曰：沛然而出，以泽九土。江之南北，厥泽最膴。曰帝喉咽，曰帝肺腑。幡然而归，以德于乡。人之好我，示彼周行。如鸿渐逵，如麟在场。悠然而暝，以还造化。飞廉为御，格泽可驾。搏沙眷属，一丝不挂。天柱之阳，公魄宅焉。云间之宫，公神宛然。子孙黎民，公其保旃。