康熙平定三藩后，于康熙二十一年(1682年)下谕设馆编纂《平定三逆方略》，是为方略馆缘起。最初书成即撤。

乾隆十四年(1749)二月对金川用兵结束，奏准重开方略馆，纂修《平定金川方略》后，遂成常设机构。方略馆设有文移、纂修、 誊录及校对4处和书、纸2库。最高官员为总裁,由军机大臣兼任，下设提调官,满汉各2人；收掌官,满汉各2人； 纂修官,满3人、汉6人。除汉纂修1人由翰林院咨送补充外,其余各官皆由军机章京兼充。另设译汉官及校对、供事等，无定额，分别由吏部、内阁及翰林院、詹事府等衙署调充。方略馆除编纂方略外,往往奉旨编修其他书籍,为此，方略馆保存了军机处全部档案，以备随时录用。

乾隆十四年以后，军机处存档中的录副奏折，绝大部分由方略馆供事抄录，以军机处名义的行文亦有由方略馆提调官签发者，以致方略馆渐成专为军机处办事的附属机构。遇有应修方略之时，反要另择办公地点，另调人员承办。宣统三年(1911年)四月，方略馆与军机处同时裁撤。