次日，江流儿来到棋赛现场，看见百花拿着偷来的金子作赌注参加李慕清“一对十”的车轮战，引起大家的哄笑。然而比赛中，李慕清却输给了百花。

夜晚，江流儿和百花坐在山头，在月光下江流儿跟小乞丐诉说自己的过去、讲圆德，讲妖刀王、讲自己学围棋的经历，他把百花当成了最好的朋友。

得知百花没有兄弟姐妹的江流儿建议百花和他结拜成兄弟。

俩人在关公府下结拜成兄弟，并且答应百花要做她永远的大哥而且要照顾好她。之后的日子里，他俩一起切磋棋艺、一起游览江湖，一起憧憬着美好的未来。

一天夜里，百花将一本珍贵的棋谱《造微精理》送给江流儿，而这本书竟是号称“开局百步无敌手”的当代围棋第一高手方胜的力作，使江流儿在围棋布局上有了很大的提高。然而江流儿正在专心致志的下棋时，百花又想家了。

刚赢得比赛第一的“北武”门大弟子武云飞在酒店了大发狂言并羞辱棋手们纷纷议论没来参加这次比赛的围棋小神童江流儿。

这使来寻找喝醉酒的老疯丐的百花非常生气，并用语言故意和他为难。双方动起武来，再加上老疯丐的胡搅蛮缠，把个庆功宴搞的一团糟。刚赶来的江流儿原想告诉百花回家的打算也迫不得已加入了混战。正当大家打得乱七八糟时，百花被父亲方胜抓住了手，然后乞丐装被父亲众目睽睽之下戳穿，百花恢复了女儿身。这让江流儿傻了眼。

百花该随父亲回去了，她向江流儿深情道别，然后走上了轮船。百花的美丽和她乞丐装扮时的英姿时时刻刻在江流儿的眼前浮现，失魂落魄的江流儿倒在水里消沉了。百花的道别使江流儿认清了自己对百花的心意。

短暂的离别终于在江流儿学会了天地大同时结束了，他又与百花重逢，江流儿告诉了方百花林心诚的故事，同时坚定要跟当年陷害林心诚的主谋方百花的父亲方胜争夺棋圣称号。天黑了，江流儿和百花在府门前依依不舍的告别，在回去的途中江流儿被一辆飞驰而过的马车撞到，跟踪而来的小伙伴来福帮着方百花把江流儿抬进了房间。百花坐在江流儿床边用手抚着江流儿的脸颊，低声缀泣。

次日，江流儿为了他与武云飞的比赛带着重伤来到赛场。正当江流儿要杀了武云飞的大龙时，雷凌云暗示武云飞，于是武云飞自信满满地声称漂亮的方百花将会嫁给自己，使江流儿乱了心神，反胜为败。

在雷凌云和方胜比赛的时候，方百花心里想的却是江流儿和方胜对战。

雷凌云愿意帮助黑木战胜所有的中国棋手，条件是让黑木战胜所有的国手包括“棋圣”方胜，并逼他们立下契约输后永远不许再下棋，因为他要成为中国围棋界的“棋圣”。佐佐木要黑木别忘了丈和临别时的话，黑木终于同意和雷凌云合作。后来，黑木连续战胜李慕清、武云飞、郭逢春等人，逼得方胜出场，方百花为了挽救中国围棋，在福王的帮助下寻找江流儿；后来她遇到了妖刀王，在得知江流儿已决定不问世事后，方百花请求妖刀王帮江流儿带话。

外出采购食物的小和尚听到大家纷纷议论江流儿将要和日本围棋奇童黑木比赛的消息大为吃惊，他把消息带回凌云寺，正在藏经楼里钻研围棋的江流儿也很惊讶。这时妖刀王出现，他告诉江流儿是百花冒他的名，用这个方法来最后一次寻找江流儿归来，如果江流儿不出现百花将代江流儿和黑木一战，并将以死来怀念江流儿，妖刀王、方百花和圆德大师都希望江流儿能复出和黑木一战，以解救所有被逼签下再也不能下棋的围棋高手。

在江流儿和黑木的比赛中，处于劣势的江流儿竟把棋下成了旷世奇局－“三劫连环”（是围棋中的和棋定式之一），方百花和众人看到都目瞪口呆，裁判宣布和棋。

江流儿独自坐在瀑布前沉思，百花调皮地将一个石子扔进水里惊醒了江流儿，两人在嬉闹后江流儿告诉她他已和黑木在比赛围棋的过程中结成了友谊，他欣赏和敬佩黑木的围棋造诣，他很担忧黑木输棋后真地自尽。花面狼偷偷溜进了厨房，在来福特意为江流儿准备的鱼汤里下了毒。江流儿并没有喝多所以没有死，就在这时裁判黄皋宣布第二场比赛黑木获胜，方百花和妖刀王冲到赛场揭露了佐佐木和雷凌云的阴谋。江流儿醒来不久时，黑木出现并使所有的人大为吃惊，许多人要对黑木动武，方百花劝住了他们。后来，方百花和众人一起目睹了江流儿再度和黑木战平的棋局，而黑木也撕毁了和雷凌云的约定。

不谙世事的棋鬼王初来城里闹出了不少笑话，从为他解围的方百花那里第一次听到了江流儿的名号。棋鬼王遵照爷爷的遗愿下山挑战林心诚和方胜，来到方府门前的他开始粗鲁的咒骂，方百花闻声打发棋鬼王离开后告知父亲方胜，但听到棋鬼王的名字后方胜与武尚咏却变了脸色，而再次来到天轩棋馆的棋鬼王初露锋芒。

棋鬼王与武云飞一战引起了方胜的注意，棋鬼王的“古怪定式”更让方胜想起了故人，嬉闹的棋鬼王与他的爷爷如出一辙。前来天轩棋馆的方百花与棋鬼王对弈，轻敌的棋鬼王不知方百花为试探他故意败在他手里，从方百花那里得到江流儿与黒木的对决棋谱后内心开始了动摇，听完江流儿生平事迹的棋鬼王更想会会这个对手。决心前往凌云寺与江流儿对弈。与此同时喜爱围棋的皇上召见了方胜等人，而让他们没想到的是当今皇帝的围棋老师竟是狡诈的雷凌云，这预示着大明棋坛的血雨腥风。千辛万苦来到凌云寺的棋鬼王却被三个小和尚骗走，离开时他留下了一盘棋局，看过棋局的江流儿决定前往吴州城应战。在桥上江流儿和方百花相会了，两人一见面就聚在一起嘘寒问暖。

得势后的雷凌云鼓动皇上在天下人面前和方胜下棋，不肯屈服皇权的方胜在天下人面前维护了大明棋手的尊严，让众人看到了棋圣的风采，但却因此招来了杀身之祸。

江流儿在方府中与百花对弈以便思考对策，江流儿让百花前去寻求福王的帮助，并且认真地和百花表明自己的心意“不论怎样，我永远和你在一起”。

百花与福王已皇上阐明了事情的始末，看清真相的皇上决定赦免方胜。

百花从父亲口中得知老棋鬼王是自己的外公。某种程度上棋鬼王正是百花的弟弟。与方胜一战后棋鬼王决定回到深山修炼，却被百花拦住了脚步，她知道棋鬼王逃避的正是看出最后棋招的江流儿。和百花在一起的棋鬼王谈论起了与老棋鬼王在一起的事情，在百花的鼓励下棋鬼王决定不再逃避，他下定了打败江流儿当上大明棋圣的决心。

自知时日不多的方胜，愿望便是与江流儿的对弈，但方胜与林心诚的恩怨以及江流儿对百花的心意，让江流儿无法原谅方胜。断然拒绝方胜的江流儿遇到了百花，不愿去参加方胜五十大寿的江流儿让百花非常伤心，百花哭泣而去，江流儿不假思索的赶上，百花在半路上摔倒不起，江流儿赶上去抱着她一起痛哭并回想起当时结拜成兄弟的情形。得知方胜时日不多后江流儿开始动摇。方胜的寿宴上聚集了众位著名的国手，大家都送来了各种各样的寿礼，而江流儿的寿礼便是代表林心诚的挑战。

寿宴之后方胜的身体情况更加恶化，而不明真相的人们都认为江流儿趁着方胜大病挑起对弈，不顾身后的猜忌议论江流儿依然决定赴约。在众人的围观下两人的对弈开始了，方百花独自一人站在棋圣院门口为父亲助威。

江流儿被不明真相的百花的朋友小芸赶出了天轩棋馆，住进马棚。百花正在父亲坟前祭拜，正好小芸和棋鬼王也来祭拜，棋鬼王许诺要照顾好姐姐百花时，江流儿出现了，百花挽留江流儿但江流儿并没有打算说出真相，百花向朋友小芸和弟弟棋鬼王表示，大家都误会江流儿了。百花前去马棚看望江流儿，两人深情相拥，百花劝说江流儿把真相说出来，但江流儿不肯，百花伤心离开马棚，在院子里呆着缓解自己的哀伤，爱姐心切的棋鬼王冲进院子，安慰百花，甚至耍宝逗百花笑，当百花问起棋鬼王她的外公给她白玉耳坠和棋鬼王黑玉项坠是为什么时，棋鬼王想起那是爷爷希望自己和百花成为夫妻的心切才给的定情信物，于是死也不说，离开了院子。

棋鬼王找上了马棚，和江流儿决一死战，没想到这时花面郎放火烧着了马棚的茅草，马棚渐渐燃烧起来，前来看望江流儿的百花发现马棚着火，冲进去阻止江流儿和棋鬼王继续对弈，但怎么也劝不动，为此百花被掉下来的房梁砸中，昏迷不醒，棋鬼王见状立刻将百花抱离马棚，江流儿紧随其后护送百花。

百花醒来，发现江流儿凝视着她，出于对他的担心及生气，百花扭过头背对着江流儿，棋鬼王警告江流儿不要再伤害百花并且马上离开，江流儿一步三回头地离开。

棋鬼王与江流儿的对弈即将开始，而雷凌云却在比赛前夕找到了棋鬼王，在他的教唆下棋鬼王收下了两颗神脑丹。方百花看到了这一幕。

藤泽和黑木、中川百合击败雷凌云、武云飞、潘国兴组成的前大明三人组后挑衅大明围棋，而江流儿带着方百花和棋鬼王站了出来，而大明新的三人组也确定了。江流儿对藤泽；棋鬼王对黑木；方百花对中川百合。此时百花被封为大明第一女国手，实现了向世人显示女孩子也能下围棋的理想。

江流儿表明琴棋书画重要的是陶冶情操、修身养性，不应该用它们来争强斗勇，而黒木也认为切磋棋艺最重要的是促进相互的技术，兴趣相投的人们聚在一起，棋鬼王发誓必定战胜江流儿和黑木，百花对于小百合的自称天下第一女棋手表示不以为然。最终五个人在桥上一起观赏飘落的桃花。

次日，百花盛装打扮为自己博得不断的赞赏和增添自己的自信。大明新三人组会见日本三人组。比赛的时间早已过去，但棋圣院里依旧没有看到棋手们的身影，他们已经相约在桃花林里展开旷世的对弈。贯彻自己信念的对弈在这美丽的桃花林里进行再合适不过了，没有他人的打扰棋手们发挥出了超常的水平，这场比赛的胜负已经不再重要，而他们留下的复盘更是带给了大明棋坛前所未有的繁荣。棋鬼王惜败黑木，决定回深山继续修行，临走前向小芸表明自己的心意；江流儿则完胜藤泽，为赴两年后与黑木对弈的约定回凌云寺修行；方百花则完胜中川百合，后因棋鬼王和江流儿的离开，方百花最终成为大明第一女棋圣。

后来，方百花被封为大明棋待诏，教授小明王围棋，她也成为了小明皇的义姐。

小明王登基为小明皇后，方百花曾为保护小明皇对弈幽王手下的棋手张冲获胜。这时，江流儿为了履行和方百花的婚约下山，方百花本欲决定辞官和江流儿远走高飞，却又担心小明皇而没有辞官。

小明皇为了拉拢蒙古王伯颜，竟不顾福王劝阻答应和亲并册封方百花成为大明长公主，命她远嫁蒙古。不愿和江流儿分离的方百花一时伤心竟跳崖自尽，但被江流儿救起，二人感情加深，更加坚定永不分离的信念。

次日，小明皇出尔反尔，又取消了和亲；但是依旧保留了方百花被册封的长公主身份。为了让江流儿协助小明皇，方百花劝说江流儿参加大明的棋圣赛，但是江流儿不愿意成为皇权争夺的工具而拒绝参赛，不理解江流儿的方百花竟痛骂江流儿不懂家国大义，还说自己错看了人，二人就此闹了矛盾。

小明皇得知方百花和江流儿闹矛盾后，竟自作聪明，火上浇油，下诏称获得大明棋圣赛的冠军者将赐婚给百花公主；方百花起初不愿意，但是为了小明皇竟也答应了这个荒唐的命令；江流儿得知，天天去方府向方百花表明自己内心的想法，劝说百花和他一起走，可方百花不仅不开门，还祈求江流儿为了她参赛。

女扮男装时：

对战李慕清，胜

对战江流儿，败（两次对战都输了）

成为国手前：

对战棋鬼王，败（试探）

对战江流儿，结果不明

对战陈公子，不了了之

成为国手后：

对战中川百合，完胜

对战无名旗手，完胜

对战西北棋手“西北狼”张冲，完胜

第一部：

第12集 小乞丐

第13集 结义兄弟

第14集 离别的痛苦

第17集 陷害

第18集 棋盘外的阴谋

第24集 谋杀

第25集 惺惺相惜

第26集 天地大同

第二部：

第1/27集 莽撞少年

第2/28集 颓废的棋手

第3/29集 浪子归来

第4/30集 老少棋鬼王

第5/31集 鬼棋再现

第6/32集 恶毒的报复

第7/33集 棋圣的尊严

第8/34集 少年棋手的交锋

第9/35集 棋圣对棋鬼王

第10/36集 老棋鬼王传奇

第11/37集 败者为仆

第12/38集 江流儿的挑战

第13/39集 棋圣的最后一战

第14/40集 棋鬼王参赛

第16/42集 神秘的陈公子

第17/43集 藤泽的计划

第18/44集 冤家再聚首

第19/45集 对决与阴谋

第20/46集 大明新棋圣

第21/47集 兄弟情深

第22/48集 应战三人组

第23/49集 对决失败

第24/50集 枭雄的命运

第25/51集 大明新三人组

第26/52集 荣誉的捍卫