1927年2月，省农民协会召开全省代表大会，方远辉和彭咸生等人被推选为弋阳农协代表，出席了这次大会。大会结束后，方远辉等代表根据方志敏在大会上的讲话精神，积极全面开展农民运动工作。这年春夏之交，弋阳全县农民协会的会员已发展到2万余人，地方政权几乎全部掌握在农民手中，出现了弋阳农民革命运动的高潮。

同年3月，方远辉、龚金泉等到达德兴的港西、张家、童家、洋田、梅溪、张村等地，进行秘密工作，宣传革命，发展党员，分别在梅溪(应家)建立了党组织。4月，靖卫团长黄宗带20支枪驻黄家源扩张反动势力，阻碍革命向前发展。为了打击敌人的嚣张气焰，第九区的农民自卫军在方远辉、黄品珍等领导下，包围了黄家源。经过一场激烈的战斗，赶走了黄宗，活捉了12个反动豪绅，胜利地结束了这一战斗。黄家源新区的开辟，为统一第九区，开辟第六、第七、第八区创造了有利条件。

四一二反革命政变后，江西省委内部有少数领导按照陈独秀主张，放弃党的领导，取消革命武装。可是，方远辉却协助方远杰等，在弋阳党支部的领导下，以第二、第四、第八、第九区的农民协会力量为主体，联合工会等各界人民群众2万余人，在国民党军一连起义军的配合下，举行了攻打弋阳县城的武装斗争。他们烧毁了县衙门，劈伤县长，镇压土豪劣绅百余人，将红旗插上了弋阳县城。

1927年冬，方远辉以弋阳党员代表的身份参加了在弋阳第九区窖头召开的赣东北五县党员联席会议。在会上，方远辉听取了八七会议精神，并积极参与制定统一暴动的纲领。会后，方远辉日夜奔波在九区，向农民群众宣传大会纲领，传播“打倒土豪劣绅，平债分地”的口号，以“上名字”，吃鸡血酒等形式，在窖头、湖塘、燕坞黄家、丁山等大小几十个村组织农民革命团。接着，在农民自卫军积极配合下，农民革命团迅速发展，弋横暴动区域不断扩大。1928年春，在粉碎敌人进攻的同时，为巩固和扩大革命根据地，方远辉和黄镇中等人以漆工镇为中心，向姚畈、中畈、芳家墩一带开展革命活动，推进革命形势。

1929年3月，在弋横边境的梅溪畈召开德兴县第一次工农兵代表大会，正式成立德兴县苏维埃政府，方远辉当选为县苏维埃主席。会后，他带领德兴苏区农民开展轰轰烈烈的土地革命运动。

1930年6月9日，河口镇攻克后，方远辉动员国民党军队医官何秀夫(厦门医科大学毕业)，连人带药及武器一并运迁到弋阳第九区磨盘山脚的西潭庙，办了一个红军医院，方远辉任政委。在任职期间，他率领五名医生因陋就简，战胜了缺医少药的种种困难，使100多名伤病员伤愈后重返战斗岗位，其中不少伤病员后来成了优秀的战斗指挥员。

1931年秋，赣东北省第一次工农兵代表大会在葛源召开。会议要求各县成立“肃反”委员会。会后，方远辉任乐平县“肃反”委员会主任。后“肃反”委员会改为政治保卫局，方远辉任乐平县政治保卫局局长。

赣东北省成立以后，先后成立了土地、军事、财政等部，方远辉任土地部长。他紧紧依靠苏区群众，认真贯彻执行省苏维埃颁布的《土地分配法》，组织领导了全省土地重新分配的工作。

1933年10月，方远辉任省储粮合作社副主任。期间，他不仅下大力气提高了军需储粮服务质量，保障军民需要，而且还经常深入苏区，组织群众种好粮食，储藏粮食，支援红军和防止饥荒。因完成储粮任务成绩显著，方远辉荣获省苏维埃颁发的“努力奖章”。

1934年11月，主力红军北上抗日。方远辉留守苏区坚持敌后游击战争。不久，因叛徒出卖，他在齐川源不幸被捕。同年，方远辉在弋阳县城慷慨就义，时年46岁。