经过旗口站的线路有赣韶铁路。赣韶铁路全长179公里，设计时速为160公里，为单线、电气化、国家Ⅰ级客货运共线铁路，预留复线条件。全线设南康站、旗口站、新城站、池江站、大余站、梅关站、珠玑巷站、南雄站、古市站、马市站、始兴站、总甫站、丹霞山站、长坝站、腊石坝站、韶关东站等16个车站，其中新设车站14个，改建既有车站2个。南康站、大余站、珠玑巷站、南雄站、始兴站、丹霞山站、韶关东站等7个车站为办理客货运业务的中间站。