1884年在日本熊本组建。日军常备师团建制编制有两个步兵旅团，共4个步兵联队及炮兵、骑兵、工兵、辎重联队等，全师团共2.2万余人，装备有四一式山炮12门、三八式野炮36门、37毫米速射反坦克炮12门、轻型装甲车12辆。因日本陆军实行地区后备役兵员征兵制，每个陆军师团平时驻守的地区，又是该师团官兵的家乡和补充兵源的地区。第六师团平时驻守在日本熊本、宫崎、鹿儿岛等地区，该部官兵多为上述地区人。因日本陆军称呼某师团名称常冠以地名或该师团主官名字，故第六师团又称“熊本师团”。曾任该师团师团长的有谷寿夫中将、稻叶四郎中将、町尻量基中将、坂本正右卫门中将、神田正种中将、秋永力中将等。该师团曾在日军华中派遣军的序列中参加侵略中国的战争，是制造中国南京大屠杀的主要部队之一。