此书是经壬申之乱而取得政权的天武天皇欲向外宣示自身之皇统而下令编成。舍人亲王等人所撰，于公元720年（养老4年）完成。记述神代至持统天皇时代的历史。全书用汉字写成，采用编年体，共三十卷，另有系谱一卷，系谱如今已亡佚。多半借用中国典籍，拿来描述上代所传承之传说。

在《日本书纪》之外，当时亦有《古事记》、《风土记》等等各种书籍传世，比照其纪录，或有重叠，或有相违，是纪录口传文学时必定产生之现象。由此可以想像，当时的传说已有多种版本，非一时、一地、一人所造，而《日本书纪》之目的，即在编列出为准之“定本”。

于《古事记》序中有云：“余闻诸家所传帝纪、本辞，有诡于事实者，或多加虚伪。若今不修其谬，唯恐数年之后，旨趣亡散佚矣。帝纪、本辞，乃我国组织之理，天皇政治之基，故欲撰帝纪、检旧辞，去伪、定真，使传后世。”目的之一，在令上古传说、神话、历史统一，有利于天皇政权。