后醍醐天皇消灭了镰仓幕府后，进行了第一次的王政复古，推行新政，史称建武新政。由于新政未能满足武士的要求，而且仅仅重用京都的公卿贵族，故引来武士不满。其中倒幕大将足利尊氏更为不满，他虽然被赐予天皇名字中的尊字，但他有意开幕府，而后足利尊氏迫后醍醐天皇退位，并立持明院统之光明天皇。光明天皇策封他为征夷大将军，建立室町幕府，是为北朝之始。而后醍醐天皇被迫退位后设法逃出，持着天皇象征的三神器退往大和（今奈良县）的吉野，是为南朝，至此南北朝终于形成，史书还称为“一天二帝南北京”。

经过多次攻防后，南朝势力衰退，终于南朝天皇把三神器交给北朝天皇，结束了南北朝时代。

直至20世纪初期幸德秋水提出当时明治天皇的正统性问题，明治天皇最后作出结论：以南朝天皇为日本的正统，北朝天皇保留名号，但不列入正统。