《大日本史》的编纂事业始于水户藩二代藩主德川光圀，他于1657年（明历三年）在江户水户藩邸设立史局，1672年将史局移至小石川上屋敷，并将之命名为彰考馆（彰往考来之意），并集中佐佐十竹、栗山潜锋、三宅观澜、安积澹泊等众多学者进行该书的编纂。在编纂过程中，派遣佐佐等人赴京都、奈良等地搜集古文书、古记录等资料。

光圀主修该书期间，主要完成了本纪与列传部分，即以记述传记的部门为中心，从儒家道德观对历史人物进行评述。在光圀的自传《梅里先生碑文》中说道：“正闰皇统，是非人臣，辑一家之言而成”。亦即是说，该书将光圀自己的主张，借以历史叙述的形式表现。该书将神功皇后列入《皇妃列传》；认定大友皇子的即位，并将之列入《本纪》，成大友天皇本纪一篇；另外以南朝为正统，将南朝诸帝列于本纪之中。这所谓的三大特笔，代表了光圀的主要主张。在安积澹泊执笔的《论赞》中，对有关人物道德的评价有著明示。光圀没后，1715年（正德五年）《本纪》与《列传》脱稿，并于1720年（享保五年）上呈幕府。