日本地球行星科学学会定期召开年度学术会议，并进行学会论文发表等相关活动。2017年，日本地球行星科学学会与美国地球物理学会首次联合举办“JpGU-AGU 2017”大型国际学术会议。该会议的议题覆盖了空间及行星科学、大气及水圈科学、人文地球科学、固体地球物理以及生物地质科学等领域，是日本有史以来覆盖范围最广、参加人数最多的地球科学会议之一。