日本护照的封面中央印有日本国徽「菊花纹章」，在其上方用日文汉字（篆体）印有「日本国旅券」之字样，同样的在其下方则写有英语字样「JAPAN PASSPORT」。5年有效期版本的普通护照为暗蓝色，10年有效期的则为绯红色。另外公务护照是暗绿色，外交护照则是暗褐色。

所有在2006年3月20日以后发放的日本护照都是生物识别护照。

护照包含其签发国的声明，用来知会其它所有国家，证明持有人具有签发国的国民身份，并且请求允许其过境，同时享有国际法所规定的待遇。日本护照内的声明如下:

除了护照最末的注意事项（例如在十年期的生物识别护照的第51页）仅用日语标明外，日本护照完全使用日语和英语两种语言。这个声明包括了护照持有人在外国遇到各种情况时，所应该知道的事情。

姓、名及个人情况（例如出生日期）都只以拉丁大写字母标明。日语名字基本上都依据平文式罗马字系统转换，在某些特殊情况下则例外，特别是当该人名是一个外国名字（例如配偶或子女为外国人时）的片假名转译，在这种情况下可以使用该姓名的原始拉丁拼法（前提条件是需要递承政府颁发原始拼法的正式文件，例如护照等）。

在持有人签名处则标明了持有人姓名的日文写法。

发放对象为普通国民。普通护照有5年有效期和10年有效期两种版本。19岁以下（含19岁）的日本国民只能持有5年有效期护照，而满20岁的日本国民可选择持有5年有效期（蓝色）或是10年有效期（红色）的护照。

发放对象为议员和公务员，封面为暗绿色。

发放对象为日本皇室，外交官及其家眷或是政府高级官员，封面为暗褐色。

（由于二战后对天皇的法律规定，因此日本天皇和日本皇后并不持有护照。）

截止2020年3月1日，日本普通护照持有人可以免签证或落地签证前往191个国家或地区，在亨氏签证受限指数中排名第1位。2003年起，持日本普通护照前往中国探亲访友、从事商务活动、短期旅游等，只要不超过15日既可以免办理中国签证。日本护照是OECD，G8，G20等国际组织中，仅有的一个可以免签证进入整个大中华地区（中国大陆、中国香港、中国澳门、中国台湾）的护照。

2023年11月28日，根据2023年10月24日内阁第23/1885/602/023号批文，作为重建旅游业的试点计划，斯里兰卡将对日本国民实行免费签证制度。该计划于2023年11月28日生效，有效期至2024年3月31日。