自治医科大学最初在1972年设立之时的目标是，确保和提高偏远地区的医疗体系，并且增进当地居民的福祉。学校的教育目的是培养坚持医疗道德，并且同时具有较高临床实力的医师，以医学的进步和提高当地住民的福祉为使命。自治医科大学是由在地域医疗体系中负责的全国各都道府县共同创立的学校法人进行运营的。本校的学生们，可以通过在校6年时间的住校生活，共同的起居，蕴育出自律协调的精神和责任感。同时，通过加强与都道府县的联系，努力使学生们加深对偏僻地域医疗现状的认识，巩固对人道医疗的使命感。