注：2013年（平成25年）12月1日版

警视厅本厅内，在警视总监、警视监的管理下，设有9个部门及分课。

企划课：东京都公安委员会室、警视总监秘书室、犯罪被害者支援室、厅舍管理室

文书课：情报公开中心

情报管理课

广报课：广报中心、警察音乐队

会计课：会计监查室、遗失物中心

用度课

装备课：装备开发运用中心、通信管理运用中心

施设课

留置管理第一课

留置管理第二课

人事第一课

人事第二课：采用中心

讼务课

给与课

厚生课：职员相谈室

教养课：柔道指导室、剑道指导室、逮捕术指导室、射击指导室、翻译中心

健康管理本部

交通总务课：交通安全指导所

交通执行课：白摩托训练所、交通管制中心

交通搜查课：交通反则通告所

交通规制课

交通管制课

驻车对策课

运转免许本部

运转免许试验场（府中、鲛洲、江东）

交通机动队（10队）

高速公路交通警察队

警备第一课

警备第二课

灾害对策课

警卫课（皇族的警护，皇居、东宫御所周围的警备。注：皇居即东宫御所内的警备与皇族的警护由皇宫警察本部负责）

警护课

地域总务课

地域指导课

通信指令本部

自动车警队（4队）

铁道警察队

航空队

公安总务课（调查日本共产党、市民运动、反全球化运动、邪教团体。总务课的任务相当于业务系和公安管理系）

公安第一课（调查极左暴力集团）

公安第二课（调查劳动团体、极左的“日本革命共产主义者同盟革命马克思主义派”等）

公安第三课（调查右翼团体）

公安第四课（负责资料收集、统计与联系地方警察的工作）

外事第一课（调查第二课范围之外的地区，主要负责俄罗斯、东欧的间谍，以及从该地区非法出口战略物资的案件）

外事第二课（调查巴基斯坦以东的亚洲地区，主要负责中国、朝鲜等社会主义国家的间谍，以及从该地区非法出口战略物资的案件）

外事第三课（调查中东地区的间谍和国际恐怖活动）

公安机动搜查队- NBC恐怖活动搜查队

网络攻击对策中心

一般对刑法犯进行搜查，被称为“刑警”的职员所属的部门。

主要职位

刑事总务课

搜查一课

1st Division：负责杀人、抢劫、伤害、性犯罪等强行犯案件

只有搜查一科的警察在西装领子上佩戴有金色「S1S mpd」字样的金框红色圆形徽章。这是只属于警视厅的制式徽章，其他道府县警察本部还没有制定。

搜查二课

2nd Division：负责取缔欺诈、伪造货币、行贿受贿、渎职、消费者受害以外的逃税、不正当交易等被称作智能犯的经济犯罪以及违反选举行为。

搜查三课

3rd Division：负责入室盗窃、抢包、扒窃及自行车小偷等。

搜查共助课：负责全国指名通缉、与其他道府县警的合作事务的部门。

鉴识课：负责鉴识、验尸、警犬训练等。

科学搜查研究所：俗称科搜研，利用高度的科学技术进行鉴定。

搜查支援分析中心：负责犯罪广域化和电子化的对应部队，对电子机器的解析和搜查支援系统得到的搜查信息进行分析，支援搜查员。

机动搜查队：平时用匿名巡逻车在地区巡逻，发生事件的时候，进行初次调查。如果只通过初动调查无法解决案件，则将调查移交给搜查一课、搜查三课等。

主要的特别搜查本部：刑事部长认为有必要时，可以发布设立「特别搜查本部」的命令。搜查第一课长由非国家公务员的警察（警视厅内部人士）担任。搜查第二课长由通过国家公务员考试的警察担任。

生活安全总务课－生活安全相谈中心、跟踪犯对策室

生活经济课（调查经济犯罪）－金融犯罪对策室

生活环境课（枪炮刀剑类非法持有、调查危险物品）

保安课（调查风俗、非法就职、赌博）

少年育成课－少年中心（8所）

少年事件课

网络犯罪对策课

组织犯罪对策总务课－毒品对策室

组织犯罪对策第一课（原公安部外事特别搜查队，主管国际组织犯罪）－非法居留对策室

组织犯罪对策第二课（原刑事部国际搜查课，负责国际犯罪事件和国际搜查共助）

组织犯罪对策第三课（原刑事部暴力团对策课）

组织犯罪对策第四课（原刑事部搜查第四课，负责组织集团犯罪）

组织犯罪对策第五课（原生活安全部药物铳器对策课，负责管理枪炮及药物类案件）

组织犯罪特别搜查队（原生活安全部国际组织犯罪特别搜查队，负责护照及信用卡伪造类案件）

警视厅警察学校是负责警视厅警察职员教育训练的机关，位于府中市，近邻警察厅警察大学校。

警视厅下设十个方面本部，介于本部与辖区警察署中间，负责各辖区警察署的合作与广域对应。各方面本部长阶级，第一、四、八方面为警视长，其他为警视正。

共102个警察署。各署长阶级，大规模19署（曲町、丸之内、筑地、麻布、赤坂、蒲田、世田谷、涩谷、四谷、新宿、池袋、上野、浅草、本所、小松川、立川、八王子、町田、板桥）为警视正，其他各署为警视。