巨人在1921年终于打败洋基，赢得第二个世界冠军。由于当年巨人与洋基共用马球球场(Polo Grounds)，所以这也是世界大赛首度在同一球场举行。同样纽约地铁大战的戏码在1922年又重演一次，巨人再度击败洋基。到了1923年，两队三度碰头，但洋基已有自己的主球场(洋基球场)，也扳倒巨人，拿到第一个世界冠军。巨人于1924年连续第4年闯入世界大赛，与华盛顿参议员队(现在的双城队)鏖战至第七场落败。总教练McGraw在1932年退休，他领军巨人29年，9度晋级世界大赛，3度赢得世界冠军，并有4个球季达100胜(1904、1905、1912、1913)以上，是巨人队史上最成功的教练。新任教练是一垒手Bill Terry(曾在1930年以4成01打击率创下队史纪录)，他在次年(1933)便率队拿下第4个世界冠军，投手Carl Hubbell以1.66自责分率，23胜12败获选国联MVP。Hubbell在1936年更以26胜6败，2.31自责分率达到生涯颠峰，二度获选国联MVP。巨人则在1936-1937连续两年与洋基展开地铁大战，但都不幸落败。

20世纪四五十年代

40年代的巨人最佳名次仅到第三名，1948年球季中，巨人聘用甫被宿敌道奇队开除的总教练Leo Durocher担任教头，引起棒檀的震撼。Durocher在往后数年开始重建巨人队，使其成为一个以速度及打击力见长的球队。这个重建工作终于在1951年开花结果，巨人在季末迎头赶上领先有13.5场胜差的道奇队，同时在加赛中击败道奇夺得国联锦标，可惜又在世界大赛中被洋基掠倒。菜鸟Willie Mays则以2成74打击率，20支全垒打获得国联最佳新人奖。1954年，巨人再度打入世界大赛，与创下美联最多胜(111)纪录的印地安人队争冠。赛前不被看好的巨人意外的4连胜横扫对手，赢得第五座冠军杯。Willie Mays以3成45打击率夺下打击王及国联MVP头衔。

巨人在1956-1957连续两年战绩滑落至第六，球迷也逐年流失，老板Stoneham决定另觅城市落脚，在旧金山市长的极力争取下，巨人于1958年来到西岸的旧金山湾区。巧合的是，道奇也在同一年搬到洛杉矶市，使这两支球队厮杀的战场由东岸转至西岸的加州。巨人在旧金山第一年以80胜74败居国联第三，一垒手Orlando Cepeda以3成12打击率，25支全垒打获选国联新人王。次年，另一个菜鸟一垒手Willie McCovey虽然仅出赛52场，却以3成54打击率获选国联新人王。

20世纪六七十年代

1960年，巨人搬迁至新球场-烛台球场(Candlestick Park)，并在1962年击败道奇取得旧金山市第一个国联冠军，但彷佛就是1951年的翻版，巨人又在世界大赛中败给洋基，Willie Mays以49支全垒打居联盟第一，他同时在1965年以联盟最多的52支全垒打及3成17打击率获得第二个国联MVP。1964-1967连续4年巨人赢得90场以上胜利，却与季后赛无缘，但投手Mike McCormick在1967年以22胜10败赢得当时队史上一个投手赛扬奖。1968年，外野手Bobby Bonds(就是Barry Bonds的父亲)首度踏入大联盟，第一支安打即是满贯全垒打，是大联盟在20世纪的一人。巨人在1971年进入季后赛，但在国联冠军赛中遇海盗打劫，锻羽而归，此后巨人在70年代最佳名次仅到第3名。

20世纪八九十年代

1986年，总教练Roger Craig成功的带领巨人从前一年的62胜100败进步至83胜79败，同时在1987年登上国联西区王座，与红雀争夺国联冠军。在取得3胜2负的优势后，巨人的火力在最后两场遭红雀压制，连续22局无得分，也错失晋级世界大赛的机会。巨人外野手Jeffrey Leonard连续四场比赛轰出全垒打，创下季后赛纪录。1989年，巨人在国联冠军赛中打倒小熊，终于又敲开世界大赛大门，与相邻的奥克兰运动家队争夺世界冠军。运动家在主场先取得2胜，就在第三战开赛前不久，发生了旧金山大地震，也使得比赛延后了10天，巨人在主场又连败2场，惨遭运动家横扫。外野手Kevin Mitchell以联盟最高47支全垒打，125分打点获选国联MVP。

在20世纪的最后一个年代，巨人队老板差一点就要将球团卖到佛罗里达州的坦帕市(Tampa)，幸而由旧金山市民Peter Magowan领导的一个投资集团在1992年将球队买下，避免了巨人搬家的危机。就在同时，海盗队超级明星Barry Bonds也来到巨人队，补强打击火力。1993年巨人一路长红赢得103胜，但同区的勇士队在明星赛后急起直追，在季赛结束前一天也取得103胜，巨人在关键的最后一场球败给宿敌道奇队，而勇士则轻取洛矶队，也赢得西区冠军。Bonds击出46支全垒打，赢得个人第三个国联MVP，第一年担任总教练的Dusty Baker则获选为年度最佳教练。1997年，巨人终于再登上分区第一，但在季后赛第一轮被马林鱼淘汰，Baker第二度获选为年度最佳教练。次年，巨人在最后10场比赛获得8场胜利，追平小熊队的战绩，必须靠加赛决定外卡资格，巨人不幸落败，丧失了连续两年晋级季后赛的机会。

新世纪

21世纪的第一年，巨人告别了使用40年的烛台球场，搬到崭新的太平洋贝尔球场(Pacific Bell Park)。新球场也带来新气象，巨人以1993年以来最佳成绩97胜65败打入季后赛，虽然在第一轮遭大都会击败，但二垒手Jeff Kent获选国联MVP，总教练Baker则抱回第三个年度最佳教练。2001年，巨炮Bonds以73支全垒打写下大联盟单季全垒打的新纪录，同时也赢得个人第四个国联MVP。巨人在2002年终于一吐前几次在季后赛第一轮即打包回家的怨气，先击倒勇士，再射下红雀，夺下国联冠军闯入世界大赛，与天使队缠斗至第7战，终以3胜4负饮恨。Bonds以季赛打击率3成70夺得打击王，同时也五度获选为国联MVP。巨人队与Bonds在2003年将继续为旧金山第一个，也是Bonds第一个世界冠军而奋斗。

2010年十一月一日，旧金山巨人队以3∶1客场挫败德州游骑兵队，从而以4∶1的总比分夺得第106届美国职业棒球大联盟（MLB）世界系列赛冠军。这是巨人队等待了56年后历史上第五次站在世界系列赛（即总决赛）的最高领奖台。有30支球队参加的美职棒联赛被认为是当今世界最高水平的职业棒球联赛。

2012年十月二八日，旧金山巨人队再以四比零的佳绩横扫底特律老虎重登美国职棒世界大赛冠军宝座，美国ESPN专家们表示夺冠依然大部分功劳在球员身上，不过球队教练对于球员的信任也是连接起巨人队的重要关键。三年拿两次冠军，巨人队球迷显得表示令人振奋。

AT&T球场 (2000年至今)

旧名SBC球场 (2004年-2005年)

旧名太平洋贝尔球场 (2000年-2003年)

烛台球场 (1960年-1999年)

旧名烛台角三康球场 (1997年-1999年)

海豹球场 (1958年-1959年)

马球球场IV(纽约) (1911年-1957年)

山顶球场(纽约) (1911年)

马球球场III(纽约) (1891年-1911年)

马球球场II(纽约) (1889年-1890年)

圣乔治球场(纽约) (1889年)

奥克兰球场(纽泽西) (1889年)

马球球场I(纽约) (1883年-1888年)

世界大赛冠军 (8) 1905、1921、1922、1933、1954 、2010 、2012、2014

国家联盟冠军 (23) 1888、1889、1904、1905、1911、1912、1913、1917、1921、1922、1923、1924、1933、1936、1937、1951、1954、1962、1989、2002,、2010、2012、2014

国联西区冠军 (8) 1971、1987、1989、1997、2000、2003、2010、2012、2021

2020年8月3日，旧金山巨人队（MLB）以31亿美元价值名列2020年世界最具价值体育团队TOP25第20位。