医院建于1941年，原为“国立云南大学医学院附属医院”（即云大医院）。

1963年更名为昆明医学院第一附属医院。

2012年更名为昆明医科大学第一附属医院。

2017年12月，昆明医科大学第一附属医院成功备案国家干细胞临床研究机构。

2022年7月15日，云南省心内科专科联盟暨南省阜外心血管病医院互联网医院成立仪式在昆明举行。会上宣布，昆明医科大学第一附属医院为副理事长单位。

2022年9月24日，云南省首个动物致伤防治联盟在昆明市第一人民医院揭牌成立，昆明医科大学第一附属医院为副主席单位。

2023年11月18日，云南肾内科专科联盟成立，昆明医科大学第一附属医院担任理事长单位。