永历帝朱由榔即位后,尊马氏为慈宁皇太后,不久改称昭圣恭懿皇太后。封皇太后兄子马九爵为镇远伯,皇太后兄马承祖管中军都督府,皇太后弟马九功管右军都督府。
昭宗皇帝巡幸新宁,加马氏尊号为昭圣仁寿皇太后。永历九年(1655年)六月再加尊号慈惠,全称昭圣慈惠仁寿皇太后。
咒水之难后,缅甸王莽白将永历帝及马氏等人献给吴三桂。永历帝朱由榔在昆明遭绞死,马氏得知,大哭曰:“吴三桂你这个逆贼!你立志谋反,而以我家作计。我死不瞑目,看见你一定碎尸万段!”
不久她被送往北京,在黄茆驿见孝刚匡皇后王氏,二人自相扼喉,马氏未死。到北京后,她得到清廷的哀怜与尊重,由清廷赡养终身,终年七十二岁。