永历帝朱由榔即位后，尊马氏为慈宁皇太后，不久改称昭圣恭懿皇太后。封皇太后兄子马九爵为镇远伯，皇太后兄马承祖管中军都督府，皇太后弟马九功管右军都督府。

昭宗皇帝巡幸新宁，加马氏尊号为昭圣仁寿皇太后。永历九年（1655年）六月再加尊号慈惠，全称昭圣慈惠仁寿皇太后。

咒水之难后，缅甸王莽白将永历帝及马氏等人献给吴三桂。永历帝朱由榔在昆明遭绞死，马氏得知，大哭曰：“吴三桂你这个逆贼！你立志谋反，而以我家作计。我死不瞑目，看见你一定碎尸万段！”

不久她被送往北京，在黄茆驿见孝刚匡皇后王氏，二人自相扼喉，马氏未死。到北京后，她得到清廷的哀怜与尊重，由清廷赡养终身，终年七十二岁。